現代編プロローグ
｢闇｣････邪神イリス、スフィアそしてジャガンの脅威が地球圏より払拭されて数ヶ月････
TPC参謀本部の強硬派は、対異星人先制攻撃案｢フレンドシップ計画｣を強引に採択｡穏健派のサワイ長官･ブランシュタイン次官は幽閉され、フルハシ･千葉･イルマ参謀も更迭｡GUTS、XIG、MAT、イーグル、そしてガイアセイバーズなどの前大戦で功績のあった部隊も残らず解散されてしまった｡
だが、イルマ参謀の機転で、ガイアセイバーズの主要メンバー及びその関係者達はその装備ごと本部･デンジランドを脱出｡各地に潜伏して反撃の機会をうかがっていた････
そして、新たな｢悪｣、そして新たなる英雄達の伝説も胎動し始めていた････
時に共通暦77年6月････地球圏に再び嵐の予感が走る！
未来編プロローグ
C.C(共通暦)1565年････幾度かの大規模な戦乱、そしてC.C79年･1080年の二度の大消滅にもかかわらず地球人口は150億を超え､人類の7割はその生活圏を宇宙に移していた････
戦乱は･･･今ではその名すら伝えられぬ、｢人類史上最もおろかないくさ｣と呼ばれた戦いは大地の民と宇宙の民の些細な誤解から始まった｡スペース･コロニー軍は人型機動兵器｢モビル･スーツ｣を戦線に投入｡瞬く間に地上の8割は占領され、彼らはその武力で大地の民を弾圧し始めた｡
だが、そこに救世主が現れた｡超人的な、ほとんど超能力といってもいい力を持った格闘集団｢忍空組｣そして｢化身忍軍｣｡彼らは素手、あるいは原始的な刀や手裏剣であっという間にコロニー軍を撃退｡地上のミリタリーバランスを逆転させた｡
これに対し、コロニー軍はMS｢GX-9900｣の戦線投入と人造人間｢超人機｣の開発を決定｡｢GX-9900｣の放った業火は地上の都市の8割を消滅させ、その報復のために地球側は、後に｢人類史上最も愚かな決断｣と呼ばれた決定を下した｡
核である｡コロニーに対する無差別核攻撃はコロニー群の7割を壊滅させ････その直後に地球側とコロニー側の間に和平が結ばれた｡最終作戦及び｢超人機｣開発計画にかかわった人間は全て冷凍刑に処され、戦争は終わった････
それから200年････かつて日本と呼ばれた地域で｢夜叉蠍連合軍｣と呼ばれる軍集団が蜂起｡それに対し伝説の｢忍空組｣が出現、これを鎮圧した｡
さらに3年････地球圏全ての地域で目撃された｢ある事件｣を境に再び物語は始まる････
時にC.C1770年の春｡世界が｢ガイアセイバーズ｣の名を伝説として、忘れ去っていた時代の出来事である････