前作からの変更点として、梯子を上り下りするスピードが速くなったことが挙げられる。
スライディング
十字キー下＋Ａボタンで姿勢を低くして滑り込む。移動スピードが速いのが特徴。滑っている方向とは逆に十字キーを入れると、スライディングを中断することができる。
ニードルキャノン（ＮＥ）
エネルギー消費は４発で１。前方に針を発射する。３連射まで可能で、Ｂボタン推しっ放しでオート連射可能。連射した場合、２発目がやや低い弾道を飛ぶ。威力が低く、ザコ敵に対してはロックバスターと同じ効果しか得られない。燃費は良いが、あまり使い道がないと思う。
有効なボスキャラはスネークマン。
マグネットミサイル（ＭＡ）
エネルギー消費は１発で２。Ｕ字型磁石のような弾を前方に発射、飛行中に敵とのＸ軸が合うと、一度だけ方向を変える。２連射まで可能。軌道を変更するとはいえ、動きの速い敵には当てづらく、燃費も悪いので、使いづらいといえる。ただし威力はそこそこある。弱点となるボスはハードマン。
ジェミニレーザー（ＧＥ）
前方にレーザーを発射、壁に当たると斜め上４５度に反射し、以後は９０度反射する。時間が経つと反射しなくなり、画面から消える。エネルギー消費は1発につき２。威力は高め。
弱点となるボスはニードルマン。
ハードナックル（ＨＡ）
ロックマンの腕そのものを発射して敵にぶつける。エネルギー消費は一発で２。
発射された腕はゆっくりと横に飛んでいくが、この時に十字キーの上下で少しだけながら軌道の調整ができる。
威力がかなり高いのが特徴。
タップスピン（ＴＯ）
ジャンプ中に攻撃ボタンを押すことによってロックマンが高速回転をする。この状態で敵に体当たりすることによりダメージを与える。敵に体当たりした時点でエネルギーが１減る仕組みとなっているが、効かない敵に当たると武器エネルギーを消費する上にこちらがダメージを受ける。ダメージを受けた後の無敵状態でタップスピンが効かない敵に攻撃すると、武器エネルギーの減りがとんでもないことになる。
威力が非常に高く、効果のある雑魚敵は一撃で倒すことが可能。効かない敵を覚えておくとエネルギーの無駄遣いをしなくてすむ。
有効なボスはシャドーマンだが、タップスピンを当ててダメージを与えると同時にこちらもダメージを食らう点に注意。乱発するとエネルギー切れを起こしやすい。
サーチスネーク（ＳＮ）
地形に沿って進む蛇型ミサイルを発射する。最大３連射まで可能。エネルギー消費は２発で１。
バブルリードとは違い、壁にも昇り、天井に当たると消える。威力は低め。
有効なボスはジェミニマン。１発で５のダメージを与える。
スパークショック（ＳＰ）
電気の弾を横方向に撃ち出す。弾に当たった敵はショートしてしばらく動けなくなるが、ショートしている敵が画面内にいる時は武器選択ウインドウを開くことができない。効かない敵もいるので、前々作にあったアイススラッシャーと比べると使いにくいといえる。ボスにはダメージを与えるのみ。
有効なボスはマグネットマン。
シャドーブレード（ＳＨ）
横、斜め上、真上に向かって投げることができる手裏剣。手裏剣は一定距離を進んだ後、投げた場所に戻ってくる。エネルギー消費は２発で１。
威力はそこそこ。投げる方向を指定できるが、射程距離がやや短い。
今作から登場した犬型のサポートロボットで、今作ではコイル、マリン、ジェットの３種類に変形可能。
ラッシュコイル
最初から持っている。エネルギー消費は一回で３。武器選択画面で選んでからＢボタンを押すと、ラッシュが目の前に出現する。上に乗ると、通常の倍以上の高さでジャンプができる。
ラッシュマリン
シャドーマンを倒すと入手できる。水中でのみ使用可能で、水中で呼び出した後、乗り込むことになる。乗り込んでいる時に、ロックバスターで攻撃できる。乗っている間、エネルギーを消費し続け、エネルギーがなくなると放り出されるので注意。
水面にいる時、十字キー上要素＋Ａボタンでジャンプができる。
ラッシュジェット
ニードルマンを倒すと入手できる。呼び出してから上に乗ることができ、上に乗っている間は上下左右斜めに移動できる。乗っている間だけエネルギーが減る仕様となっているため、一度上に乗ってからジャンプを繰り返して移動をすれば、エネルギーの節約になる。
？缶
ステージ各所に置かれているアイテム。撃つと、ライフエネルギー大、小、武器エネルギー大、小、１ＵＰ、エネルギー缶のどれかになる。
エネルギー缶について
今回は９個までストック可能で、ゲームオーバーになっても、無くならない。
ボスの名前の割には、一撃でミスとなる刺などはない。ステージの難易度は並だが、ボスであるニードルマンは強い。
ハリ・ハリー
ハリネズミ型ロボット。左右、上、斜め上の５方向同時に針を発射した後、体を丸めて突進する。突進中は攻撃を受け付けない。耐久力は高め。
砲台
近付くと、シャッターを開いて放物線を描く丸い弾を発射する。シャッターを閉めている時は攻撃を跳ね返す。
メットールＤＸ
近付くとメットを開いて斜め上下、横の３方向同時に弾を発射する。メットを閉じている間は無敵。
ヤンボー
蜻蛉型ロボット。速いスピードで体当たりを仕掛ける。ロックバスター３発で破壊可能。
ニードルプレス
ステージ半ばに設置されているトラップ。天井や床から出たり入ったりする。
ハンマージョー
鉄球を振り回してから横に投げつける動作を繰り返している。鉄球を投げる前に目のシャッターが開き、その状態にのみダメージを与えることが可能。鉄球に当たった時のダメージは低い。
ロックバスター８発、シャドーブレード４発、マグネットミサイルかジェミニレーザー２発、ハードナックル１発で破壊可能。マグネットミサイルは投げられた鉄球に反応するので注意。
ビッキー
ステージの終わりに出現する巨大なロボット。ジャンプで移動し、ロックマンを押しつぶそうとする。目のシャッターを閉じている時は攻撃を受け付けない。ロックバスター６発で破壊可能。
ボス：ニードルマン
ジャンプしながらのニードルキャノン連発と、頭の針付きハンマーを伸ばしての攻撃を行う。
動きが素早く緩急を利かせてくる上に、攻撃の手が激しいために、ロックバスターで戦うのは分が悪い。高角度からのニードルキャノンはかなりかわしにくいので、きちんと距離を取ること。近付きすぎると、頭のハンマーでの攻撃を多用してくる。ハンマーの攻撃力は高い。
弱点となる武器はジェミニレーザーだが、レーザーの飛ぶスピードがやや遅く、ニードルマンの動きが速いので、当てにくい。しかし、レーザーは壁に反射するので、外してもまだ望みはある。
ステージ半ばから後半にかけて、厄介なトラップが集中している。
マグフライ
ステージ前半で出現する。上空からロックマンを吸い寄せて行動を制限する。吸い寄せには抵抗することができる。
ジャイアントスプリンガー
ロックマン２で登場したスプリンガーが巨大になったもの。動きは非常に鈍い。頭から誘導ミサイルを発射する。ミサイルは破壊可能だが、破壊すると、新しいミサイルを発射する。近付くと、頭を揺らして行く手を阻む。本体はロックバスター８発で破壊可能。
ペターキー
地面を歩いて移動する。複数で出現する場合が多い。ロックマンがいる方向に向かう習性がある。
ニューショットマン
普段は左右に弾を発射し続けているだけだが、近付くと頭から放物線を描く弾を発射する。
注意すべきトラップ
ステージの中盤から後半にかけて、吸引装置が設置されており、一定距離近付くと、ロックマンは引き寄せられる。
ステージの後半には点滅ブロックが出現する。出現するタイミングは決まっているが、吸引装置とセットになっているので、思い通りには進みにくい。
ブルース
マグフライ地帯を下った先に待ち構えており、ロックマンに攻撃してくる。
移動して、ロックマンが近付くとジャンプしながら弾を連射する。弾は、地上に立っていれば当たることはない。無駄にジャンプしないこと。ダメージを与え続けると逃げていく。
ボス：マグネットマン
細かいジャンプを繰り返して画面端近くまで移動、天井にくっついてからのマグネットミサイル攻撃か吸い寄せを行う。攻撃を終えた後、反対側に移動して二種類の攻撃どちらかを行うことの繰り返し。
マグネットミサイルは３発発射され、ロックマンとのＸ軸が合うと、ミサイルが向きを変える。スライディングで回避可能。天井にくっついた際にマグネットマンの真下にいると、マグネットミサイルは反応しない。
吸い寄せ攻撃中は無敵で、マグネットマン本体に当たるか、時間が経つと吸い寄せを中断し、次の行動に移る。
弱点となる武器はスパークショックとシャドーブレード。どちらも与えるダメージは同じで、７のダメージを与える。天井にくっついているマグネットマンにも攻撃できるシャドーブレードの方が、若干使いやすい。また、ロックバスターでも２のダメージを与えることができる。
宇宙空間の空が広がる大地を進んだ後、ナマモノっぽいステージになる。
ニトロン
ステージ前半に登場する。宙に浮いているが、ロックマンに近付くと、スピードを上げて上から液体を発射する。液体は地面に着くと火柱を上げる。
ボンバーペペ
ペンギンのようなロボットで、卵型の爆弾を発射する。爆弾は一定時間経つか、ロックマンに当たると爆発する。爆風は大きい。
ボウル
オタマジャクシのような外見をしている。ステージ中にある卵を壊すと出現する。宙を浮き、ロックマンに向かって体当たりをするが、動きは非常に鈍い。
ペンペンメーカー
巨大なペンギン型ロボット。腹からペンペンを次々と射出する。弱点は頭にあるハンドル。
ペンペン
ペンペンメーカーから射出されるペンギン型ロボット。前方に移動するだけだが、移動スピードは速め。
ギョライボウ
水中を泳いでいる。ロックマンとのＸ軸が合うと、上に向けてミサイルを発射する。ミサイルは障害物に当たると爆風を起こす。ダメージは高め。
ヤンポー
ニードルマンステージに出現するものと同じだが、足場が狭いところで出現するため厄介。
メカッケロ
蛙のようなロボット。ジャンプして飛びかかってくる。地上にいる時は当たり判定が低く、同じ高さからのロックバスターが当たらない。
ビッキー
ステージの最後で出現する。梯子から攻撃を加えれば、体当たり攻撃を食らう心配はない。
ボス：ジェミニマン
最初に分身を発生させる。分身と本体が目まぐるしく動く。画面右端から大きくジャンプして左端に着地、左端から右端に向かって走り、右端に着くと左端に大ジャンプ…と繰り返す。こちらが攻撃をすると、地面を走っている方のジェミニマンが通常弾による反撃を行う。手数に応じて弾数も変わる。
ジェミニマンのライフが半分になると、本体だけとなり、攻撃パターンが変わる。走るスピードが遅くなり、こちらが攻撃ボタンを押すとジャンプする。しばらく時間が経つとジェミニレーザーを発射する。レーザーは地形に反射するのでよけにくい。
弱点武器はサーチスネーク。５のダメージを与えることができる。
岩場が舞台のステージ。落ちてミスとなる穴や、触れてミスとなる刺はない。
ハブスビィ
ステージ序盤に登場する大きな蜂型ロボット。チビィが内蔵された巣を落として去っていく。
チビィ
ハブスビィが落としていく巣から出現する小型の蜂ロボット。一度に５匹出現する。ロックバスター１発で破壊可能。ロックマンをしつこく追う。
ワナーン
ステージの各所に置かれているトラップ。上を通ると罠が発動する。スライディングで通り抜けるといい。破壊不可能。
ハンマージョー
帰ってきたモンキング
猿型ロボットで、前作のモンキングよりもシェイプアップされているので、素早い動きが可能。普段は天井にぶら下がっているが、下を通り抜けようとすると、飛び降りてジャンプしながらしつこく追いかけてくる。ロックバスター８発で破壊可能。タップスピンだと１発で破壊できるので持っていれば楽。
ピッケルマンブル
ピッケルマンが大きな乗り物に乗っている。弱点は頭で、ロックバスター３発で破壊できる。天井が低い通路にいることが多く、邪魔な存在。
メットールＤＸ
近付くと、メットを開いて弾を撃ってくる。スライディングで抜けた先にいたりするので、避けづらい。
ビッキー
ブルース
攻撃パターンは他のステージに出てくるブルースと一緒だが、画面の中心辺りの地形が盛り上がっているので、攻撃をよけにくい。
ボス：ハードマン
ロケットパンチであるハードナックルを２発撃った後、大ジャンプからプレス攻撃を仕掛けてくる。基本的に、前述の二つの動作を繰り返すだけ。
ハードナックルには追尾性能があり、非常によけにくいが、食らった時のダメージは小さい。
プレス攻撃は非常にダメージが大きく、ハードマンが地面に着いた時に時間が止まる。ロックマンの本体がハードマンにめり込んでいると、高いダメージを連続して食らうことになるので注意。
弱点となる特殊武器はマグネットミサイル。エネルギー消費が大きめなので、連射しないこと。
人工植物園のような場所。ステージ難易度は高くない。
ボルトン＆ナットン
画面外からナットンが飛んできて、画面内にいるボルトンと合体する。合体してからロックマンを狙って体当たりをするが、動きは鈍くロックバスター１発で破壊可能。合体するまでは破壊不可能。ちなみに、画面外から飛んでくるナットンには当たり判定がない。
メカッケロ
ロックバスターを当てにくいので、ジャンプした瞬間を狙うこと。
コマサブロウ
腹から地面に沿って移動するコマを発射する。画面内に３つ発射しようとする習性があり、コマを破壊しても、次々とコマを発射する。本体はロックバスター６発で破壊可能。
タマ
巨大な猫型ロボット。地面を跳ねる鞠のような弾を二個発射し、鞠が破壊されると、背中からノミのようなメカを射出する。弱点は頭から前足辺りで、ロックバスター８発で破壊可能。
メットールＤＸ
段差や狭い足場にいたりするので、少々厄介。
ピッケルマンブル
狭い場所にいるので飛び越えたりすることはできない。邪魔なものから破壊するべき。
ポイント
ステージ終盤にコマの上に乗って渡るところがある。乗っていて落とされることはないので、惑わされずにジャンプで移動すること。
ボス：タップマン
上空にコマを３個発射→タップスピンによる高速移動を繰り返す。
コマは上空に停滞した後、ロックマンのいる位置を狙ってくるが、スライディングなどで回避できる。当たった際のダメージも大きくない。
コマ攻撃後、体を回転させてから高速で移動しながらの体当たりをしてくる。体当たりのダメージは高く、回転中は攻撃を受け付けない。
弱点となる武器はハードナックルで、1発で７のダメージを与えることができる。また、ロックバスターでも２のダメージを与えることができる上に、攻撃パターンが単純なので、ボスの中では攻略しやすいといえる。
ステージのほとんどが、ビッグスネーキーとプチスネーキーの蛇腹で構成された奇妙な場所。
ステージ終盤で煙突から雲の足場が上がっていく場所があるが、煙突に足を付けたまま雲に乗ろうとすると、何故か弾き飛ばされて穴に落ちるということがある。雲の足場に乗る時には、ジャンプしながら乗るといい。
ダダ
飛び跳ねながらロックマンに向かって体当たりを仕掛けてくる。動きは激しいが、ロックバスター１発で破壊できる。
プチスネーキー
ステージのところどころに設置されている蛇の頭。まばたきした後にロックマンの位置を狙って弾を１発撃ってくる。ロックバスター２発で破壊可能。
ビッグスネーキー
ステージ中で二回戦うことになる巨大な蛇の頭。まばたきした後に２〜４発の弾を撃ってくる。
蛇腹の上がうねっているので蛇腹の上には乗らず、通常の足場から攻撃を加えるべし。
弱点は頭で、ロックバスター１０発で破壊可能で、ハードナックルならば２発で破壊可能。
ポットン
プロペラの付いた器と本体で構成されており、ロックマンとのＸ軸が合うと本体が落ちてくる。本体がなくなっても器だけで動く。壁に当たると折り返す。
ハンマージョー
ブブカン
画面の前方から突進してくる。ロックマンの目の前で棒を立てて棒高跳びの要領で高くジャンプ、棒を捨ててロックマンの後ろに着地してから再びロックマンがいる方向に向かって走る。
棒を持って突進している時は、正面からの攻撃を受け付けない。
飛び跳ねた後で捨てた棒は破壊可能。
ジャマシィ
ステージ中で一回登場する。梯子を行ったり来たりしているだけ。
ボムフリャー
ミサイルに雲の衣がついたような敵キャラ。画面前方から出現し、上下に揺れながらゆっくりと飛行している。
攻撃を加えると、衣が外れてミサイルのみとなり、横一直線に突進する。ミサイル状態の時にロックバスター３発で破壊できる。
ボス：スネークマン
基本的には画面を往復しており、ロックマンを追跡したりはしない。移動しつつも、画面の両端と真ん中で大きくジャンプして地面に沿って進んでいくサーチスネークを２発発射する。サーチスネークはロックバスターで破壊できるが、サーチスネークがかなり小さい為に当てることに苦労するので、かわすだけでもいい。
部屋の地形が特殊で、真ん中が盛り上がり、真ん中のすぐ横が沈んでいる。真ん中の盛り上がっている部分を使ってスネークマンを飛び越えるといい。
有効な特殊武器はニードルキャノン。１発で４のダメージを与えることができる。ロックバスターと同じような使い方ができるので、当てやすいはず。
発電所内部のようなステージ。
ステージ中盤・終盤に、乗ると上に上がってしまうブロックがあるが、天井が刺になっているので、素早い行動を心がけること。
ステージ後半には天井のダストシュートから四角いスクラップが落ちてくる場所がある。破壊可能だが、耐久力が高めな上に次々と落ちてくるので邪魔なものだけを破壊して通ること。
ペターキー
エレクトリックガビョール
上下一対で１セットとなっており、横に移動しつつ範囲の広い電磁波を発生させる。破壊不可能。
エレキン
コンセントのような敵キャラ。ダストシュートのようなところから出現し、ロックマンとのＸ軸が合うと上下左右斜めの８方向に電気の弾を発射する。ロックバスター１発で破壊可能。
ハンマージョー
ピッケルマンブル
ボルトン＆ナットン
穴があるところに出現したりするので、一体ずつ確実に破壊すること。
ボス：スパークマン
段差をジャンプで移動しつつも、時々立ち止まって上下左右斜めの８方向に小さな電気の弾を撃ち出したり、巨大な電気の弾をロックマン目掛けて撃ってくる。
部屋の中が段差となっており、画面の両端が一番低く、真ん中が一番高い。スパークマンの体当たりをかわしにくいので、多少のダメージは覚悟したほうがいい。
８方向への攻撃のすぐ後に巨大な電気の弾による攻撃に移行する時もある。
有効な特殊武器はシャドーブレード。射程が短いが、投げる方向を選択できるので、そこそこ当てやすいと思います。
ニューショットマン
メカッケロ
当たり判定が低いのでロックバスターを当てにくい。タップスピンかサーチスネークがあると、攻撃を当てやすい。
ピッケルマンブル
ブルース
地形が平らなので、マグネットマンステージに書いてあるのと同じ攻略法が通用する。
ペターキー
ウォーキングボム
手榴弾に足が付いたような敵キャラ。ロックマンに向かって走って移動し、逃げても追ってくる。
ロックバスター１発で破壊できるが、破壊した際に爆風を起こすので、近付きすぎて破壊すると爆風に巻き込まれる。できるだけ離れて攻撃を加えるべき。
ホログラン
出現すると、ホログラフで画面が宇宙空間のような感じになる。地形が分かりにくくなるので、早めに破壊すべきだが、高い場所にいるので、場合によっては攻撃が届かないこともある。ロックバスター３発、サーチスネークならば１発で破壊可能。
パラシュー
画面の上から急降下した後、左右に揺れながら落下する。狭い足場の所に出てきて、放っておくと邪魔なので早めに破壊すべき。
ヤンボー
ボス：シャドーマン
高さの違うジャンプを３回繰り返してから、シャドーブレードもしくはスライディングによる強襲をしてくる。
ジャンプ後、立ち止まったらシャドーブレード。横と斜め上の２方向同時に手裏剣を投げる。ジャンプ後のスライディングは間髪入れずに行うので、シャドーマンとの間合いは離れていることが望ましい。
大ダメージを与えることが出来る特殊武器はタップスピンだが、ダメージを与えると同時にこちらもダメージを被るので、ライフエネルギーは満タンであるようにしたい。ダメージを受けた後の無敵状態でタップスピンを使うと、エネルギー消費が激しくなるので、１発ずつ確実に当てること。
８つのステージをクリアすると、ボス選択画面で変化が起こる。スネークマン、ハードマン、タップマン、マグネットマンのウインドウが壊れて、スパークマン、ニードルマン、ジェミニマン、シャドーマンのウインドウに新たな顔が現れる。（ドクロボット）
前半ではニードルプレスが大量に設置されている上に、刺も大量にある。後半では普通には通れない巨大な穴があり、ラッシュジェットで進むことになる。
ハリ・ハリー、ニードルプレス、ジャイアントスプリンガー、ヤンボー、パラシュー、ブブカン、砲台
ジャイアントメットール
言葉の通り巨大なメットール。ロックバスターでは弱点に攻撃が届きにくいので、ラッシュジェットを使って攻撃をするといい。
メットールＤＸ
このステージでは近付くとプロペラで飛び、ロックマンとのＸ軸が合うと、下に向かって３方向に弾を発射する。耐久力は相変わらず低く、ロックバスター１発で破壊可能。
中ボス：ドクロボットＫ−１７６（エアーマン）
エアーマンの能力をコピーしたドクロボット。攻撃パターンは前作のエアーマンとほぼ同じ。
今回からスライディングができるようになったとはいえ、竜巻をよけきるのはほぼ不可能。多少のダメージは覚悟すべき。
有効な特殊武器はスパークショック。竜巻に跳ね返されないように間をぬって攻撃できるといい。一応マグネットミサイルでもそこそこのダメージを与えることができるが、燃費が悪いので、あまりお薦めできない。
ボス：ドクロボットＫ−１７６（クラッシュマン）
クラッシュマンの能力をコピーしたドクロボット。
前作のクラッシュマンと同じく、普段は左右に移動しているが、こちらが攻撃をすると跳び上がってクラッシュボムを発射する。ただし、放っておいた場合のクラッシュボムを撃って来るタイミングが早い。
有効な特殊武器はハードナックルだが、少々当てにくい。タップスピンでもそこそこのダメージを与えることができる。
一回目と比べると、格段に難易度が上がっており、刺が多数設置されている。水中戦もある。
登場する敵キャラクター
ニトロン、ボウル、ポットン、ギョライボウ
ジャマシィ
スネークマンステージに出てきたものとはほぼ別の動きをする。地面をそこそこのスピードで移動する。
ステージ中にある天井の穴から無尽蔵に出てくる。
中ボス：ドクロボットＫー１７６（フラッシュマン）
フラッシュマンの能力をコピーしたドクロボット。
基本的な動きは前作のフラッシュマンと同じであるが、タイムストッパーで止めた後に撃ってくる弾の量が少ない。体当たりのダメージが非常に高くなっている。
よく効く特殊武器はニードルキャノン。クセがないので当てやすい。一応、ジェミニレーザーでもそこそこのダメージを与えることができるが、こちらはエネルギー消費が大きいので、特に使う必要はないと思われる。
ボス：ドクロボットＫ−１７６（バブルマン）
バブルマンの能力をコピーしたドクロボット。
跳ねながら進むバブルリードを数発発射した後、ジャンプで水中を移動してロックマンとの高さが合うと横に弾を撃ってくるが、ドクロボットの当たり判定が大きいので、前作と同じ感覚でやると体当たりを食らいやすい。
地面スレスレで待機していても、高ささえ合えばしっかりと弾を撃ってくるところが、前作のバブルマンとの違い。
有効な特殊武器はシャドーブレード。離れていると当たらないので、少し近付く必要がある。威力的に少し劣るが、スパークショックでも高いダメージを与えることが可能。こちらは射程距離が長いので、離れていても攻撃できる。
一回目の仕掛けに加え、さらに刺が大量に設置されている。
ステージ中、回転している足場があり、上に乗ると回転している方向に流される。ベルトコンベアーのような特徴を持っている。
ペターキー、エレキン、ハンマージョー、ジャイアントスプリンガー、エレクトリックガビョール、ボルトン＆ナットン
中ボス：ドクロボットＫ−１７６（メタルマン）
メタルマンの能力をコピーしたドクロボット。
こちらの攻撃に合わせてランダムで大中小三種類の高さのジャンプからメタルブレードを発射する。一番大きなジャンプでは３発、並のジャンプでは２発、低いジャンプでは１発撃ってくる。
前作とは違い、ベルトコンベアーがないので、あまりこちらの動きが制限されない。
有効な特殊武器はマグネットミサイル。近付きさえしなければ相手は横に移動しないので、いくらジャンプされてもマグネットミサイルの追尾性能が活き、確実にヒットする。
ボス：ドクロボットＫ−１７６（クイックマン）
クイックマンの能力をコピーしたドクロボット。
前作のクイックマンほどの激しい動きではないが、本体の当たり判定が大きいので、こちらの方が体当たりをかわしにくい。体当たりとクイックブーメラン両方のダメージが上がっているので、ロックバスターではなく、できるだけ有効な特殊武器で攻撃した方がいい。
有効な特殊武器はジェミニレーザー。ただしレーザーのスピードが遅いので、少々当てにくい。サーチスネークでもそこそこのダメージを与えることが出来、燃費が良く、攻撃が外れたとしても連射できるので、こちらの方が使いやすい。
大量の刺が設置されていたり、ステージ中に大きな穴が空いている。穴の上にある足場は乗ると左右に開いて落ちてしまう。さらにホログランまで出るので、始末が悪い。ラッシュジェットを使えば簡単に越えることができる。
メカッケロ、ビッキー、ペターキー、ウォーキングボム、ホログラン、ハンマージョー、パラシュー、ジャイアントスプリンガー
中ボス：ドクロボットＫ−１７６（ウッドマン）
ウッドマンの能力をコピーしたドクロボット。
リーフシールドの攻撃力が高いので、長期戦は不利。特殊武器で攻撃しましょう。
有効な特殊武器はサーチスネーク。ニードルキャノンでもそこそこのダメージを与えられる。出来ればサーチスネークがいいが、ニードルキャノンの方は当てやすいのが長所。
ボス：ドクロボットＫ−１７６（ヒートマン）
ヒートマンの能力をコピーしたドクロボット。
火の玉を投げてくる攻撃はかわしにくい。間隔がせまいので尚更である。
有効な特殊武器はタップスピン。しかしこちらもダメージを受けるので、ライフはできるだけ残しておくこと。一応シャドーブレードでもそこそこのダメージを与えられる。当てることを重視するならば、シャドーブレードの方が使いやすい。
上記の四つのステージをクリアすると、ボス選択画面の真ん中にあるロックマンの顔が、ブレイクマンのものへと変化する。
ブレイクマン
攻撃パターンは今までに出てきたブルースと同じ。ただし、ロックバスター以外の武器は効果がない。
ステージ中にこちらの攻撃を跳ね返す特殊な壁があるが、ハードナックルで破壊可能。破壊するかどうかは好みで。
登場する敵キャラクター
コマサブロウ、ハンマージョー
ペンペン
水中で出現し、ジェミニマンステージに出てきたものとは全く動きが違う。
普段は上下に揺れながら横方向に向かって泳いでいるが、ある程度ロックマンに近付くとロックマンの位置をサーチして突っ込んでくる。
ボス：メカカメゴロー、カメゴロメーカー
水中で戦うことになる。
画面上部にあるカメゴロメーカーからメカカメゴローが射出される。メカカメゴローは床、天井、壁を反射しながら移動しているだけだが、時間が経つと甲羅が脱げ落ちる。甲羅は時間が経つと爆風を起こすので、メカカメゴローが甲羅を脱ぐ前に破壊すること。シャドーブレードならば、メカカメゴローを一撃で破壊できる。
メカカメゴローを壊すごとにボスのライフゲージが減少。後に出てくるメカカメゴローほど、移動スピードが段階的に速くなる。全て壊すと、カメゴロメーカーは自爆して、ステージクリアとなる。
ワナーンと刺が大量に設置されている。
登場する敵キャラクター
ワナーン
大量に設置されている上、下が刺になっている場所などにもあるので、厄介。
ハブスビィ
上記のワナーンが大量に設置されているところに出てくる。巣を落とされると厄介なので、出現したらシャドーブレードで破壊するといい。
チビィ
ボス：イエローデビルＭｋーU
小さなブロックが合体して、人型のロボットになる。
飛んでくるブロックに関しては、ブロック同士の間隔が広く、今回はスライディングもあるので前作よりはかわしやすい。厄介なのは跳ねながら移動するブロック。
合体した時に現れる目が弱点で、有効な特殊武器はハードナックルだが、ラッシュジェットを使って目の高さまで移動して、そこから連射を当てるのもいい。攻撃を当てた後の無敵時間が存在しないので、連射の回転が速いほど高いダメージを与えられる。
ステージの後半に、画面をスライドしている足場がある。行動が遅いと、壁にある刺に当たってしまう。
登場する敵キャラクター
ニューショットマン、ホログラン、ウォーキングボム、ハンマージョー、ビッキー
ボス：ホログラフロックマンズ
高中低三つの足場にある転送装置から３体のロックマンが現れる。横方向に往復しつつ、ロックマンに向かって弾を撃ってくる。
三人のロックマンの内、こちらの攻撃が当たるのは一体だけで、完全にランダム。ただし初回に限り、本体が上段にある可能性が高い。
攻撃を当てた後の無敵時間が存在しないので、連射でも充分なダメージを与えられる。
有効な特殊武器はタップスピンとサーチスネーク。タップスピンならば、あっという間に片を付けることが可能だが、近付かなければならない。実際は使うのは好みでいい。
道中に出てくるザコ敵キャラクターはジャンクゴーレムのみ。
登場する敵キャラクター
ジャンクゴーレム
巨大な鉄屑をロックマンの位置をサーチして投げつけてくる。鉄屑は地形に当たっても飛び散るので、よけても安心できない。放っておくと次々と鉄屑を投げてくる上、進路の邪魔なので、早々に片付けるべき。
ステージの最後にはカプセルが８つ設置されている。このカプセルには８体のボスが待ち構えている。
左上段：ニードルマン、左中段：マグネットマン、左下段：ジェミニマン、中央左：ハードマン、中央右：タップマン、右上段：スネークマン、右中段：スパークマン、右下段：シャドーマン
それぞれのボスは自分自身の特殊武器に弱いという特徴がある。シャドーマンにシャドーブレードで攻撃すれば、無駄に当たりに行く必要がないのでリスクが減る。
ステージ中にザコ敵は登場せず、ワイリーマシン３号との戦いがあるのみ。武器エネルギーが置かれているが、ニードルキャノン、マグネットミサイル、ジェミニレーザー以外に回すといい。
ボス：ワイリーマシン３号
地面に針を突き刺しての歩行ができる、まるで蟹のような見た目をしている。
股間にある砲台から円を描きながら飛ぶ光弾を発射する。弱点もこの砲台で、弱点となる武器はスパークショック。ボスのライフが０になると、二段階目に移行する。
二段階目に移行すると、本体上部にワイリーが乗り込んでいるコックピットが現れる。弱点はこのコックピットだが、通常の武器では高くて届かない。
地面に足を突き刺しての移動中、放物線を描く弾を撃ってくるが、５発目を撃つと同時に本体が大きく沈み込む。この状態の時には通常の攻撃を当てやすい。間合いが大きく離れている場合はハードナックルで軌道を上に曲げたものが当たる。
弱点が高い場所にあるが、ラッシュジェットならば、弱点の高さを維持するのが容易。攻撃を当てた後の無敵時間がないので、連射で大ダメージを与えられる。
ボス：γ（ガンマ）
巨大ロボット。画面中央上段にある小さな頭から放物線を描く弾をばら撒く。頭の真下にいると弾に当たらない。
画面の右上にある足場に乗ると、頭の側面から横方向に向けて弾速の遅い弾を撃つ。弱点は頭だが、ロックバスターではダメージを与えられない。
頭の真下からシャドーブレードで攻撃するか、右上の足場からハードナックルを撃ち込むのが有効。ある程度ダメージを与えると、第二段階へと移行する。
巨大な頭が上から降ってきて、第二段階に移行する。弱点はワイリーがいるコックピット部分。
画面の右端下段からの巨大な拳による攻撃は、先端が刺になっており、当たると即ミス。拳の上には乗ることが可能。
ダメージを与えられる武器はタップスピンとサーチスネーク。サーチスネークだとダメージは１。タップスピンで攻撃する場合は、まずコックピットにタップスピンで体当たりし、こちらがダメージを受けてすぐに再びタップスピンを行う。タップスピンの一連の行動一回でγを破壊することが可能。