ニューロックバスター
ロックバスターが溜め撃ちできるようになり、初期装備での攻撃力が大幅に上がった。
ロックバスターを装備している時にＢボタンを押しっ放しにすると、体が光り出し、緑色に光り出すとチャージ完了。
溜め撃ちはロックバスター３発分の威力に相当し、耐久力が２以下残っている敵に当てると貫通する。
フラッシュストッパー
ブライトマンから入手できる。エネルギー消費は一回につき４。
使用すると画面が光ると共に、一定時間画面内の敵の動きが止まる。止まっている間に武器を換えることはできないが、ロックバスターを発射できる。
止めた際に一部の敵の防御機能を落とす。例えば、シールドアタッカーを止めた後、正面から攻撃するとしっかりとダメージを与えられる他、スケルトンジョーをロックバスター３発で破壊できる。
同じ系統の特殊武器であるタイムストッパーと比べると、格段に使い勝手がいい。ただし、一部のボスなど、効果のない（動きを止めることができない）相手もいる。
有効なボスはファラオマン。動きを止めてからロックバスターを撃ち込むことが可能。
レインフラッシュ
トードマンから入手できる。エネルギー消費は１発につき４。
真上に向けてユニットを投げ、しばらくすると、画面全体に攻撃判定のある酸性雨を降らせる。発射から効果発生までに時間がかかる。
この雨は、相手の無敵状態にもダメージを与えることができる。（例：ダストマンの吸い寄せ攻撃中）
有効なボスはブライトマン。レインフラッシュだけで攻撃すると、全て使い切ることになる。
ドリルボム
ドリルマンから入手できる。エネルギー消費は１発につき１。
真横に飛ぶドリルを発射、敵か壁に当たると爆発する。威力が非常に高いのが特徴。特殊な壁を破壊することが可能。
ドリルが横に飛行している途中でＢボタンを押すと、その場で爆発させることができる。
有効なボスはトードマン。
ファラオショット
ファラオマンから入手できる。エネルギー消費は１発につき１、溜め撃ちは１発につき３。
太陽エネルギーで合成された弾を投げる。投げる際にキー入力で投げる方向をある程度選択することが出来、キーを上に入れながらだと斜め上４５度、下に入れながらだと斜め下４５度に投げる。真上や真下には発射できない。一応連射可能。
Ｂボタンを押しっ放しにすることにより、ロックマンの頭上に巨大な太陽エネルギー弾を発生させることが出来、ボタンを離すと発射。溜め中の頭上の弾にもしっかりと攻撃判定がある上、発射されるまでは武器エネルギーが消費されない。
溜め撃ちはスケルトンジョーを破壊できる。
有効なボスはリングマン。
リングブーメラン
リングマンから入手。エネルギー消費は１発につき１。
やや射程の短い輪っかを発射、一定距離進むと手元に戻ってくる。戻ってくる輪っかはロックマンの手元に正確に戻ってくる。連射不可。
強い貫通性があり、効かない敵に当たっても跳ね返ることなく突き抜ける。シールドアタッカーなどを正面から攻撃することが可能。スカルバリアーすら貫通する。
有効なボスはダストマン。しかし、吸い寄せ攻撃中にはダメージを与えることができない。
ダストクラッシャー
ダストマンから入手。エネルギー消費は１発につき１。
前方に真っ直ぐ飛ぶ鉄屑の塊を発射。鉄屑は敵に当たると斜め４方向に飛び散る。敵によっては、塊と破片で２回ダメージを与えられる。連射不可。
有効なボスはスカルマン。
ダイブミサイル
ダイブマンから入手。エネルギー消費は１発につき１。
敵を追尾するミサイルを発射する。ダイブミサイル自体が効かない敵には追尾性能が発現しない。
弾の速度は速いが、連射は不可能で威力も低め。
有効なボスはドリルマン。
スカルバリアー
スカルマンから入手できる。エネルギー消費は一回につき２。
ロックマンの周囲を頭蓋骨のような形をしたエネルギー弾が周ってバリアーとなる。このバリアーには攻撃判定がある他、敵の弾を１発だけ消すことができる。
敵に当てるか、弾に当ててしまうと、消えてしまう。
有効なボスはダイブマン。
サポートアイテム
ラッシュコイル
ラッシュの背中からバネが出て、上に乗ると高いジャンプができる。エネルギー消費は一回の使用につき２。
最初から使用可能。
ラッシュマリン
ラッシュが潜水艦のような形に変形し、乗り込むことができる。水中でのみ使用可能。
前作とは違い、水面でのジャンプはできない。
トードマンを倒すと、使用可能になる。
ラッシュジェット
ラッシュが飛行ユニットに変形する。前作とは違い、一度乗ると向いている方向に進み続けるようになった。飛行中は十字キーの上下で高度を調整できる。
ドリルマンを倒すと使用可能になる。
ワイヤー
ダイブマンステージの途中にある隠し部屋に置かれている。エネルギー消費は一回につき２。
ワイヤーを装備した状態で地上で十字キーの上を押すと、ロックマンが顔だけ上を向く。その状態でＢボタンを押すと、真上に向けて先端にツメの付いたワイヤーを発射する。ワイヤーは天井に当たると固定され、ロックマンがツメに引き寄せられる。天井に張り付いている間にＢボタンを押すと、ロックバスターが発射される。ただし溜め撃ちはできない。張り付いている時、もしくは上昇中にＡボタンを押すと、ワイヤーを解除する。
バルーン
ファラオマンステージ途中の隠しエリアに置かれている。エネルギー消費は１個につき２。
目の前に小さなプロペラの付いた風船のような足場を発生させる。足場の上には乗ることが出来、足場は少しずつ上昇しながら一定時間が経過すると消える。
ロックマン２に登場したアイテム１号に性能が酷似している。
初期装備でも攻略しやすいのはトードマンステージ。
ステージ後半にある振り子の足場があり、乗ると動き出すが、色によって性質が違う。赤は反対側まで移動すると落下し、緑は落下せずに往復する。ステージの難易度は高め。
１００ワットン
電球に羽根が付いたような外見をしている。出現後、弾を発射し、弾は途中で左右、真下、斜め下に分裂する。
ロックバスター１発で破壊できるが、破壊後は画面が闇に包まれて、敵以外見えなくなる。
ドンパン
地面を歩いている敵キャラで、飛び道具などは使ってこない。
１００ワットンを破壊した後の暗闇状態でこのドンパンを破壊すると、画面が明るくなって元通りになる。
ミノーン
普段は天井に張り付いているが、ロックマンが近付くと落下、変形し、コマのように回転しながら移動する。
ダイブミサイルが効かない。
ガチャッポン
頭からは放物線を描く弾を、口からは真っ直ぐに飛ぶ弾を発射する。本体は動かない。
耐久力は高く、ロックバスター１２発で破壊できる。
バッタン
バッタ型ロボットで、破壊不可能だが、ロックマンには攻撃してこない。
上に乗ることができ、乗るとバッタンがジャンプしながら移動する。
トーテムポールン
バッタンに乗っている最中の刺地帯にいるトーテムポールのような外見をした敵キャラ。
四つある顔の内の一つから真横に飛ぶ弾を発射する。
ロックバスター８発で破壊できる。
ボス：ブライトマン
高いジャンプからの体当たりで移動しつつ、時折地上で弾を撃つ。撃ってくる弾は１発ずつ撃ち出す角度を変えてくるので、離れていないとややかわしづらい。
ある程度体力が減るとフラッシュストッパーを使用し、こちらの動きを止める。動きを止められると、続くブライトマンの攻撃をかわす術はない。体当たりが来ないことを祈るのみ。
フラッシュストッパーを使うタイミングというものが存在し、ブライトマンの残りライフが１６、８、４になると使用する。与えるダメージを調節して、丁度１６、８、４にならないようにすれば、フラッシュストッパーを使わせないことが可能。
有効な特殊武器はレインフラッシュで、与えるダメージは４。攻撃が外れる心配はないが、最初からこれで攻撃をし続けると、ブライトマンのライフがフラッシュストッパーを使うライフの残りとかち合うため、最初にロックバスターを１発当ててからレインフラッシュを使えば、相手にフラッシュストッパーを使わせないことができる。
屋外では暴風雨が吹き荒れ、屋内では水が流れてロックマンの行く手を阻む。
屋外での雨吹いている方向が決まっており、ジャンプをすると左方向に押される。穴を飛び越える時は、なるべく足場のギリギリから跳ぶこと。地上での行動（横移動、スライディング）は特に制限されない。
水流には抵抗があり、何もしないでいると、流れている方向に向かって流される。流れに逆らって移動することになるが、移動能力が多少抑えられてしまう。
ロックマンの移動を妨げる仕掛けが多数存在するが、難易度は並。
スワロン
画面の横から出現し、ゆらゆらと飛行した後、横に真っ直ぐ突進する。スワロン自体はあまり邪魔な存在ではないが、後ろに追従しているコスワロンが厄介。スワロンが出現した瞬間に破壊すれば、コスワロンを出さないようにすることができる。ロックバスター２発で破壊可能。
コスワロン
スワロンの後を追従している。ゆらゆらと飛行した後、ロックマンに向かって突撃する。複数出現するので、溜め撃ちで一気に破壊するのがいい。
ラッカーサー
画面上部から傘を使ってややゆっくりめに落下、着地すると、傘を畳んで横に向けて発射する。傘を発射した後は歩いて移動する。ロックバスター４発で破壊できる。
ラットン
大きめなサイズのネズミ型ロボット。大小二種類のジャンプで移動する。ロックバスター２発で破壊可能。
ブヨヨーン
天井に張り付きながら移動しているが、ロックマンにある程度近付くと、天井から降りてくる。ロックバスター２発で破壊できる。
エスカルー
巨大なカタツムリ型ロボット。ステージ中で最低２回は戦うことになる。
殻からの爆弾を発射と目玉を飛ばすという二種類の攻撃方法がある。弱点は目玉だが、目が開いている時にしかダメージを与えられない。
２回目のエスカルー戦では、水流に加え小さな穴まであるので戦いにくい。
ギョットット
水中から出現し、ロックマンに近付くと飛びかかってくる。狭い足場がある所で出てくるので、邪魔。
ボス：トードマン
高いジャンプによる体当たりと、腰を振ってからのレインフラッシュで攻撃する。放っておくと、レインフラッシュを連発される。体当たり、レインフラッシュ共に受けるダメージが大きく、レインフラッシュは発動してしまうと回避不可能。
こちらの攻撃に反応してジャンプをし、腰を振っている最中に攻撃を受けると、動作を中断するので、トードマンに攻撃する隙を与えないようにすれば、無傷でも十分に勝てる。
有効な武器はドリルボム。少し間を置いて攻撃すれば、トードマンを移動、攻撃させることなく倒せる。
地中深くを進むことになる。
ステージ後半で地形が見えなくなっている場所があるが、手前にあるレバーに触れば地形が現れる仕組みになっている。レバーに触らずに先に進もうとすると落ちる。
ステージ後半、パイプのようなところから岩が落ちてくるところがある。岩は地面に落ちると複数の小さな石になり、意外と広い範囲に飛び散る。岩はロックバスター一発で破壊できるので、できるだけ大きな岩の状態で破壊するべき。
無敵時間のある敵が沢山出現するので、レインフラッシュを持っておくと楽。
メットールＥＸ
近づくとメットを上げて三方向に弾を発射した後、小さくジャンプして移動するタイプと歩いて移動するタイプがある。メットを下ろして待機している時は無敵。
タケテントウ
動きこそ決して速くはないが、とにかくしつこくロックマンを追ってくる。体当たりを受けた時のダメージが少々高い。
ロックバスター二発で破壊可能で、ダイブミサイルなら１発で破壊できる。
ジャンビッグ
巨大な敵キャラで、大小２種類のジャンプで体当たりを仕掛けてくる。耐久力が高く、体当たりのダメージは怖いが、離れて攻撃すれば難なく倒せる。
バットントン
ロックマン２に出てきたバットンと酷似しており、ロックマンに向かってゆっくり移動しながら体当たりを仕掛けてくる。玉状になって待機している時は無敵。
パカット２４
シャッターを開閉しながら弾を発射する。ロックバスター一発で破壊可能だが、シャッターを閉じている時間がランダムで、シャッターを開いている時間が短いので、攻撃をするタイミングを図りにくい。
シャッターの開閉関係なく攻撃できるレインフラッシュがあると楽に倒せる。
モノローダー
普段はゆっくりと移動しているだけだが、ある程度近づくと回転しながら速いスピードで体当たりをしてくる。回転中は無敵。
ロックバスター３発で破壊できる。
ヘリポン
ゆっくりと飛行しているが、ある程度の時間が経つと着地し、左右に弾を発射し続ける。
ボス：ドリルマン
地中からの奇襲攻撃、前進しながらのドリルボムで攻撃してくる。
地中に潜る際の変形状態は無敵状態で、レインフラッシュ以外の攻撃を受け付けない。しばらくすると地中から飛び出てくるが、一箇所に留まらず、常に移動を繰り返していれば当たることはまずない。
地上では、高いジャンプと前進しながらドリルボムを発射する。攻撃が避けきれないと思ったらドリルボムに当たるようにすべき。体当たりと比べると受けるダメージが低いので、まだマシと言える。ドリルボムは破壊不可能で、こちらの攻撃を跳ね返す。
有効な特殊武器はダイブミサイルだが、与えるダメージは溜め撃ちと一緒で３、地中に潜っている時はホーミング性能が利かなくなる。
エジプトが舞台のようで、前半は砂漠地帯を、後半は地下を進んでいくことになる。
砂の上にいると体が沈んでいき、画面の下まで沈みきるとミスとなる。
ステージ前半の砂漠地帯を抜けると、通常ならば下に降りるルートだが、縦穴を飛び越えて右に行くことができ、億にはバルーンが置いてある。
サソリーヌ
砂の中から出現し、砂の上を突進する。突進スピードが速いものと遅いものがいるが、ランダムで決定されているようである。
ロックバスター４発で破壊可能。砂から出現する時、砂に潜る際の回転中は無敵。
ハエハエー
上空を速いスピードで飛行、往復しながら何発もの弾を落とす。攻撃力は低いが、サソリーヌと一緒に出現したりするので、鬱陶しい。
タケテントウ
狭い通路に出現するので、発見したらすぐに破壊すべき。
バットントン
刺の上を渡ることになる場所に多数出現する。
ホバー
普段はまばたきをした後、左右に弾を発射することを繰り返している。
上に乗ることができ、乗ると右へ右へと移動し、壁に当たると消える。
マミーラ
壁にある隠し回転扉から出現した後、ロックマンに向けて首を飛ばす。首を飛ばした後、扉で消えた後再び首が付いた状態で現れる。
ボス：ファラオマン
攻撃パターンには二種類あり、素早いジャンプからロックマンに向けて小さな弾を１発から２発投げつけてくるパターンと、その場でエネルギーを溜めた後威力の大きい弾を発射するパターンがある。攻撃せずにジャンプだけする場合もある。
バトル開始直後やボスとの距離が離れているとジャンプしながらの攻撃、近いと溜め撃ちを使用する場合が多い。溜める時間は常に一定で、ファラオマンの体が青白く光ると発射をする合図。
地形が真ん中に向かって二段階に盛り上がっており、ジャンプからの攻撃をかわしにくいので、なるべく溜め撃ちを誘うために近づくといい。
フラッシュストッパーでファラオマンの動きを封じることができ、ファラオマンに何もさせないまま攻撃をし続けることが可能。
序盤は大空の下、中盤以降は宇宙空間のような場所が舞台となる。
中ボス的な敵キャラクターが多数出現する。
ステージの至る所に光の足場があり、乗ると欠けていってしまう。ステージ前半にある虹色に光っている足場は進行方向に向かって、ステージ後半にある黄色い足場は進行方向の逆から手前に欠けていく。（一部例外あり）
ウォールブラスター
ロックマンのいる方向に向けて砲身の角度を変えつつ、弾を発射する。真下と真上が死角となる。
初代ロックマンに出てきたブラスターとは違い、やや耐久力が高く、撃ち出す弾のスピードが遅い。
リング・リング
ロックマンのいる場所に向かっていく敵キャラ。移動スピードは非常に遅く、ロックバスター１発で破壊可能。
カバトンキュー
高い台座の上に乗っかっている、巨大なカバ型ロボットで、ステージ中に２回登場する。口から誘導ミサイルを２発発射する。誘導ミサイルは破壊可能。
台座の支柱を破壊することができ、壊した分だけカバトンキューの位置が低くなる。ロックバスターの場合、支柱を破壊しないとカバトンキューに攻撃が届かない。
支柱は破壊されると下から次々と伸びてくる。
ガリョービー
回転ノコギリのような敵キャラで、同じ高さの床に立つとスピードを上げてくる。
ロックバスターでは破壊できないので、他の特殊武器で攻撃することになる。
モノローダー
ワッパー
目玉を無数の輪が囲んでいる。待機中は無敵で、輪を飛ばして目玉が露出した時のみ攻撃を受け付ける。ファラオショットの溜め撃ちならば１発で破壊できる。
ボス：リングマン
地上で輪を一回、ジャンプしてもう一回輪を投げた後、反対側に向かって走るという動作を繰り返す。たまに走っている最中に輪を投げる場合がある。
輪はブーメランのように戻るので、普通にジャンプをしてかわしても戻ってきた輪に当たるので、輪が飛んできたら後方にジャンプすると上手によけることができる。
有効な特殊武器はファラオショット。通常で２、溜め撃ちで６のダメージを与えることが可能。常に溜め撃ちで攻撃するといい。
スクラップ処理場が戦いの舞台となる。
ステージ中盤で、画面の下からブロックがせり上がってくるところがある。ブロックは時間が経ち過ぎると再び下に下がるが、普通に進んでいればまず間に合うレベルである。
ステージ後半のプレスマシーンでは、潰されると1発でミスとなる。邪魔なゴミはロックバスターで破壊でき、溜め撃ちならば貫通して一気に破壊できる。
シールドアタッカー
前面に大きな盾が付いており、正面からの攻撃を受け付けない。弾などは発射せず、一定の区間を往復している。後ろからの攻撃でダメージを与えることができ、ロックバスター４発で破壊できる。
アップンダウン
ステージ序盤の穴から次々と出てくる。垂直に上昇した後、左右に揺れながら落下する。破壊しても次々と出てくるので、邪魔なものだけを破壊して早々に通り過ぎるべき。
ジャンビッグ
タケテントウ
狭い足場の所に出現する。真っ直ぐ飛行している時に破壊すべき。
メットールＥＸ
ステージ序盤から後半、終盤に登場する。ステージ序盤、後半に登場するものは３方向に弾を撃った後ジャンプして移動する。終盤に登場するものは回転しながら横に弾を３発撃つ。
ジャンプするタイプはロックバスター１発、回転するものはロックバスター３発で破壊できる。
ボス：ダストマン
頭にある吸い込み口からのダストクラッシャー、吸い寄せで攻撃する。
ダストクラッシャーは、発射した際にロックマンのいた位置で斜め４方向に飛び散る。スライディングか垂直ジャンプでかわすことができる。
吸い寄せ攻撃中、ダストマンはこちらの攻撃を受け付けない（レインフラッシュは例外）。ダストマンに当たるか、時間が経つと吸い寄せは解除される。
有効な特殊武器はリングブーメランだが、射程が短いために近づく必要がある。
ステージの大半が水中で、刺が多い。水中では大幅にジャンプ力が上がる他、スライディングから直接ジャンプ動作に移ることができない。
後半では水位が変化し、より厳しいものとなる。
ステージ途中にある穴（２体目のモビーを破壊して次の場面）を降りて深く進んでいくとワイヤーがある。
ギョットット、ガリョービー、ジャンビッグ
メットール・スイム
水中用のメットールで、近づくと泳ぎながら弾を撃ってくる。耐久力は非常に低く、顔が露出した時にロックバスター１発で破壊できる。
Ｍ−４２２Ａ
クラゲのような敵キャラクターで、破壊不可能。
近づくと上下に動く。
モビー
巨大な魚型ロボット。口からの高速誘導ミサイルと背中からの機雷で攻撃する。
ミサイルはモビーの懐近くにいればミサイルが反応せずに通り過ぎる。
機雷が画面内にある間は、同時に吸い寄せによる攻撃も仕掛けてくる。
マンタン
エイ型ロボットで、当たり判定が薄く、ロックバスターを当てにくい。しかし、斜めに移動する際には体を傾けるので当たり判定がやや大きくなる。ロックバスター２発で破壊可能。
機雷
モビーが発射する機雷とは別物で、ステージ後半に数多く設置されている。普段は上下にゆっくりと揺れているだけだが、近づいてからある程度の時間が経つと光り出し、自爆する。こちらからの破壊はできない。
ボス：ダイブマン
きりもみ状態での突進と、誘導ミサイルであるダイブミサイルで攻撃してくる。
最初は必ずロックマンに対して突進攻撃を仕掛けてくる。突進攻撃後の間合いによって、攻撃方法を変える。ある程度間合いを離す（端から端くらい）と確実にダイブミサイルを３連発してから突進してくる。ダイブミサイルはしつこくロックマンを追尾するが、ロックバスター１発で破壊可能。間合いを離すことを心がければ、ダイブマンを延々とハメることが可能。
間合いを近く取ると、突進攻撃とミサイル攻撃をランダム織り交ぜてくるので厄介。
有効な特殊武器はスカルバリアーで４のダメージを与えることができるが、接近しなければ当てることができないため、ロックバスターの方が戦いやすい。また、ダストクラッシャーでもロックバスターの溜め撃ちと同じ３のダメージを与えることができる。
地形が入り組んでいて、行き止まりとなるルートが少しながら存在する。ステージ中にはエネルギー缶が２個存在する。
登場する敵キャラクター
バットントン、シールドアタッカー
スーパーボールマシーンｊｒ
砲身からボールを発射する。ボールは天井や床、壁を跳ね回る。ロックマンが同じ高さの床に立つとボールを発射する傾向がある。
ボールはロックバスター１発で破壊可能で、本体はロックバスター４発で破壊できる。
スケルトンジョー
骸骨のようなロボットで、その場を動かずに手にした骨を投げてくる。骨は放物線を描いて飛ぶ。
攻撃を当てると、体が崩れるだけですぐに再生する。破壊するにはロックバスターかファラオショットの溜め撃ちか、フラッシュストッパーで止めた後に攻撃するしかない。
トゲヘロ
蛇行しながら飛行している。意外と当たり判定が大きくダメージもある。耐久力は低く、ロックバスター１発で破壊可能。
スカルメット
まばたきした後、放物線を描く弾を発射する。頭蓋骨型の装甲がある背中は無敵で、正面からの攻撃しか受け付けない。
イモーム
天井から突然降ってくる。着地した後は地面を這って移動する。降ってくる場所は決まっており、覚えておくと対応が楽。
ボス：スカルマン
こちらの攻撃に対応しながら弾連射、スカルバリアー、ダッシュ、ジャンプの行動をとる。
最初は立ち止まっているだけだが、Ｂボタンを押して攻撃またはＢボタンを離して溜め撃ち攻撃をするとジャンプ、十字キーで左右どちらかに動くと弾を連射してくる。
ジャンプの後はスカルバリアーを張る。スカルバリアーは攻撃を跳ね返すが、リングブーメランかレインフラッシュがあるとバリアーを貫通する。
弾を連射する時、ロックマンのいる高さに向けて角度を変えながら撃ち出すので、よけにくい。弾を連射した後は、ショットか移動の操作をするとジャンプしてから着地時にスカルバリアーを張る。
スカルバリアーを解除した後は必ずダッシュによる体当たり攻撃を仕掛けてくる。
有効な特殊武器はダストクラッシャーだが、スカルバリアーを破ることはできない。
ファラオショットではダメージを与えることができない。
ステージの序盤にある雪の中では、移動速度が落ちる。ステージ最初の左端には見えないがエネルギー缶が置かれている。
凍りついた足場では、滑るので穴に落ちないように注意が必要。
モノローダー、アップンダウン、スケルトンジョー、トゲヘロ、ジャンビッグ
トムボーイ
バネのような外見をしており、体をうねらせながら移動している。小さいながらも耐久力はやや高め。
ラダープレス
梯子を上下に往復しており、往復する端で本体が閉じて邪魔をする。破壊不可能。
ボス：モスラーヤ
巨大な蛾のような外見をしたボスで、横に移動しつつ口についたドリルのようなもので地面に穴を空けてしまう。よって長期戦は不利。
弱点は光っているコアのような部分で、リングブーメランで４のダメージを与えることができる。コアからはやや大きめの弾が発射されるので、近づきすぎないこと。
ラッシュジェットを酷使することになるので、途中に置いてある武器エネルギーはできるだけラッシュジェットに費やすといい。
ステージ途中に刺のついたブロックがあるが、これは時間によって刺の出る場所が変わる仕組みになっている。この刺には触れてもダメージを受けるのみで、即死トラップではない。
バットントン、ミノーン、モノローダー
ドクロン
天井にある砲台から射出される。頭蓋骨に車輪がついたような外見をしているが、特に飛び道具は持っておらず、放っておくと勝手に自爆する。爆風はないので安心。
砲台は破壊可能だが、当たり判定が薄いのでロックバスターでは当てにくい。
ボス：スクエアーマシン
画面の端からスライドしてきて、合体した後コアからエネルギー弾を発射する。
スライドする速さには３種類あり、一番遅い速さのスライドをする時に限って合体する。
基本的には合体する前に本体の内側に入り込んでから攻撃を加えることになる。弱点は弾を撃ってくるコア部分。合体した際に発生する上下しているリフトに乗りながら攻撃すると当てやすい。
有効な特殊武器はダストクラッシャーで与えるダメージは４。
モスクが見える中、上空に浮かぶ足場を進むことになる。
ステージの大半が強制スクロールとなっており、素早い動作、反応が必要とされる。
ステージ途中に出現する光る足場は乗ると下に沈み、乗ってから足を離す（ジャンプする）と浮き上がる。
リング・リング、ジャンビッグ、ガリョービー
ビリー
狭い足場を周り続けている。邪魔な上、破壊不可能なので厄介な敵である。
ボス：コックローチ・ツイン
部屋の右側にあるシャッターから出現し、素早い動きで部屋の中を這い回る。這いまわっている途中で立ち止まると、多方向にスピードの遅い弾を発射する。
ライフが半分まで減ると１体目が破壊され、２体目が出現する。２体目は１体目よりも動きがさらに素早く、立ち止まるとロックマンに向けてやや大きめの弾を１発発射する。
弱点となる特殊武器はファラオショット。撃ち出す角度を変えることができるために当てやすいはず。ダメージではファラオショットにかなり劣るものの、ダイブミサイルで攻撃するのも有効。敵を追尾するので当てやすいのが利点。
足場が狭く、下は刺になっているので、移動しづらい状況となっている。
ステージ途中で、ルートが分岐するところがあるが、下のルートを進んだ方がやや安全。上のルートは穴が多く、アップンダウンが多数出現するため。
パカット２４、ジャンビッグ、バットントン、アップンダウン、シールドアタッカー、ドクロン、トムボーイ、ビリー
ボス：コサックキャッチャー
巨大なＵＦＯキャッチャーにＤｒコサックが乗り込んでいる。
攻撃方法は多方向への弾と、巨大なツメでロックマンを捕獲してからの叩き付け。弾のダメージは大きくないが、捕まえられた時のダメージは高い。コサックキャッチャーの真下にはできるだけ立たないようにすること。
有効な武器はダストクラッシャー。
メットールに関連する敵キャラしか出現せず、ボスも巨大なメットールである。
メットールＥＸ、メットール・スイム
ボス：メットール・ダディ
巨大なメットールで、巨体を活かしたジャンプ攻撃が得意。
メットを上げる→ジャンプ→着地時に地震を起こす→上から無数のメットールを降らせる、という攻撃を繰り返している。
ジャンプする際にロックマンとの間合いが近いとジャンプは低くなり、間合いが遠いとジャンプは高くなる。
着地すると地震を起こす。地震が起こっている最中にこちらが地面に立っていると動けなくなるので、ジャンプで回避すること。動けない状態のところにメットールが体当たりしてくると回避できない。
弱点は通常のメットールと同じく顔で、有効な特殊武器はファラオショット。
タケテントウ、バットントン、マミーラ、ガチャッポン、イモーム、モノローダー
ボス：タコトラッシュ
頭から発射する巨大な爆弾と口からの火炎弾で攻撃してくる。
爆弾は放物線を描いて飛び、着弾すると爆風を起こす。火炎弾は横方向に飛んでいるだけ。
部屋の中にあるレールを移動している足場に乗って、弱点である額を攻撃することになる。この足場に乗っている時はタコトラッシュの攻撃がよけづらくなる。
有効な特殊武器はリングブーメラン。
余談ではあるが、弱点部分にドリルボムを当てると、本体の当たり判定がなくなり、タコトラッシュ本体に触ってもダメージを受けなくなる。
ステージは短いが、ボスラッシュがある。
シールドアタッカー、ガリョービー、ミノーン
ボスラッシュの部屋は常に平らで、ファラオマン戦が少々楽になっている。
ボス：ワイリーマシン４号
髑髏の口から大きなエネルギー弾を連発する。正面に立っていてはまずよけられないが、ワイリーマシン４号の懐が死角になっており、そこに立っていれば当たることはまずない。隙を見て弱点である口に溜め撃ちで攻撃するといい。
ワイリーマシンのライフが全てなくなると、髑髏のカバーが吹き飛び、第二段階に移行する。
弱点は光っているコア部分だが、微妙に位置が高く、溜め撃ちを当てづらい。
有効な特殊武器はドリルボムだが、普通に発射しても、弱点に当てることはできないので、弱点のすぐ近くで弾を爆破するといい。また、ワイリーマシンの真下からワイヤーで攻撃してもダメージを与えられるが、ライフの半分までしかダメージを与えられない。
狭い通路を進むことになる。道中にはイモームしか登場しない。武器エネルギーが少ない場合は、ここで武器エネルギーを稼ぐといい。
ボス：ワイリーカプセル
暗闇の中で戦うことになる。一瞬だけ姿を現した後、大きなエネルギー弾をロックマンに向けて発射するのを繰り返す。出現するポイントはランダム。
ファラオショットの溜め撃ちで４、リングブーメランで１のダメージを与えられる。その他の武器は通用しないので、ファラオショット、リングブーメランのエネルギーは満タンであることが望ましい。