基本的にロックマン３のものを踏襲している。Ａボタンでジャンプ、Ｂボタンでショット、十字キー下＋Ａボタンでスライディング。
しかし、操作の感覚が違い、慣性がないため落下する際に遅く感じる。特に水中ではそれが顕著に表れる。
スライディング中に進行方向の逆を押してもストップせず、反対側に滑る。
アクション画面中ならば、いつでも武器選択画面を呼び出すことができ、例え画面の切り替え途中でも呼び出せる。
ライフ・武器エネルギーを取っても、ゲームの進行が止まることはなく、ゆっくりとゲージが増えていく。ゲージが増えている途中で他の武器に換えると、換えた武器のエネルギーが回復する。
ボスキャラ、一部のザコ敵が撃つ弾はこちらの攻撃を跳ね返す物が多い。
ロックバスター（Ｐ）
初期装備で、厳密には特殊武器ではありませんが、一応ここに書かせて頂きます。。
小さな弾を横方向へ発射する。武器エネルギーが設定されておらず、何発でも使用可能。ＦＣ版と比べて弾のスピードが遅い。
弾は画面内に３発まで発射できる。
ラッシュコイル（ＲＣ）
特殊武器扱いのサポートアイテム。エネルギー消費は一回につき３。クラッシュマンを倒すと入手できる。
ロックマンの目の前にラッシュが現れ、上に乗ると高いジャンプができる。ラッシュジェットのせいか、あまり使いどころはない。
ラッシュジェット（ＲＪ）
特殊武器扱いのサポートアイテム。エアーマンを倒すと入手できる。ラッシュの上に乗っている間、エネルギーを消費し続ける。
性能はロックマン３のそれと同じく、上下左右に移動できる。
ラッシュマリン（ＲＭ）
特殊武器扱いのサポートアイテム。メタルマンを倒すと入手できる。ラッシュに乗り込んでいる間、エネルギーが減り続ける。
水中でのみ呼び出し可能。性能はロックマン４のものと酷似。ラッシュマリンのみ慣性が働く。
クラッシュボム（ＣＬ）
クラッシュマンから入手できる。前方に針付きの爆弾を発射し、壁に刺さってしばらくすると爆風を起こす。エネルギー消費は１発につき４。
飛行中、破壊した敵を貫通する。ＦＣ版と比べると爆風が小さく、威力の面で大幅に弱体化。エネルギー消費も大きいままで、ＧＢ版はエネルギーの上限が低いので、４発までしか発射できない。
メタルマンに対して大ダメージを与えるように変更されており、対メタルマン専用といえる。
メタルブレード（ＭＥ）
メタルマンから入手できる。エネルギー消費は４発で１。
刃付きの円盤を十字キーの入力した方向に発射でき、破壊した敵を貫通する。今回は、発射時の硬直がなく、走りながら発射できる。
ウッドマンに対して大ダメージを与えることができる。
リーフシールド（ＷＤ）
ウッドマンから入手できる。
ロックマンの周囲に回転する木の葉を発生させる。木の葉が回転している時に十字キーの上下左右を押すと、押した方向へ木の葉を発射する。発射した時点で武器エネルギーを３消費する。
ＦＣ版とは違い、木の葉は一枚一枚独立している。
エアーマンに有効。
エアーシューター（ＡＲ）
エアーマンから入手できる。エネルギー消費は１発につき２。
小型の竜巻を斜め上に３発同時に発射する。竜巻には貫通性がある。
クラッシュマンに有効ではあるが、今回は与えるダメージが非常に小さい。それよりも、ニードルマンに与えるダメージの方が大きい。
ニードルキャノン（ＮＥ）
ニードルマンから入手できる。エネルギー消費は４発で１。
Ｂボタン押しっ放しで連射ができる針を横に発射する。連射をすると、１発１発の針の高さが僅かに違ってくる。ＦＣ版よりも弾のスピードが遅い。
ＦＣ版とは違い、マグネットマンに対して有効。
マグネットミサイル（ＭＧ）
マグネットマンから入手できる。エネルギー消費は１発で２。
Ｕ字型磁石のような形をしたミサイルを真横に発射する。飛行中、敵とのＸ軸が合うと、敵のいる方向に一度だけ向きを変える。
ハードマンに対して有効。
ハードナックル（ＨＡ）
ハードマンから入手できる。エネルギー消費は１発で２。
拳を横に撃ち出す。飛行中は十字キーの上下で少しながら軌道の修正が可能。また、破壊した敵を貫通するように変更されている。
タップマンに対して有効。
タップスピン（ＴＰ）
タップマンから入手できる。
ジャンプ中にＢボタンを押すことにより、高速回転をする。回転中に敵に体当たりをすることによってダメージを与える。この回転攻撃が敵に当たると武器エネルギーが１消費される。ＦＣ版とは違い、効かない敵に連発してもエネルギーの猛烈な減りはない。攻撃判定が小さくなっており、頭の上辺りには攻撃判定がない。
ニードルマンに対して高いダメージを与えるように変更されている。
サクガーン（ＳＧ）
クイントから入手できる。
先端の尖ったホッピングを呼び出し、上に乗って使うことになる。サクガーンに乗っている間、武器エネルギーが減り続ける。敵を踏みつけて攻撃することになるが、一撃で破壊できない敵に攻撃すると相打ちになる。
燃費が悪い上に、使い勝手が悪いので、使いどころはないに等しい。
ラッシュジェットが手に入るエアーマンから先に攻略した方が楽。他のステージにあるエネルギー缶の取りこぼしがなくなるため。
ＦＣ版とは違い、上りだけではなく下りもある。
意外と嫌なポイントでテリーが出現するので、邪魔なものから積極的に破壊しましょう。
テリー
主にパイプの口から出現する。ロックマンのいる方向に移動するが、速度は非常に遅い。
ブロッキー
四つのブロックが積み重なっていて、前方にゆっくりと移動する。上から二つ目（目玉が付いているやつ）を攻撃するとブロックが崩れてロックマンのいる方向に弾け飛ぶ。ブロックを再構成した後、再び上から二つ目のブロックを攻撃すると破壊できる。
ショットマン
画面に現れた後、横方向に向けて弾を連発する。何発か弾を撃ったら砲身を上に向けて、放物線を描く弾を発射する。何発か撃った後は再び最初の動作に戻る。
ピピ
画面の上部を横切りながら小さなピピの入った卵を落とす。本体、卵共にロックバスター１発で破壊可能。
卵が地面に着くと、小さなピピがたくさん現れるので、なるべく卵の状態で破壊すべき。
フライボーイ
ステージ最後の一つ手前で出現するが、かなりの時間が経たないと出現しない。無視してもいい存在である。
ボス：クラッシュマン
走りつつ、こちらの攻撃に反応して跳び上がった後、ロックマン目掛けて上からクラッシュボムを発射する。基本的にＦＣ版と行動パターンは同じだが、動きが緩慢。
今回のクラッシュボムは、こちらの攻撃を跳ね返す。
有効な特殊武器はエアーシューターだが、今回、与えるダメージが非常に小さくなっており、武器エネルギーを全部使っても倒すことはできない。
基本的な仕掛けはＦＣ版と一緒でベルトコンベアーが各所に設置されている。
ステージ全体を通して天井が低い場所が多く狭いため、敵の攻撃をよけづらい。
スプリンガー
普段は床をゆっくりと移動しているが、ロックマンが同じ高さの床に立つと、猛烈なスピードで移動する。
ロックバスターが効かないので、なるべくやり過ごすといい。
ピエロボット
ステージ中にある歯車の上に乗ってから移動する。
ピエロボット本体を倒しても歯車が残る。ピエロボット本体はロックバスター１発、歯車はロックバスター６発で破壊可能。
プレス
ロックマンが近づくと作動する、トゲのついたトラップ。当たった時のダメージが高い。破壊不可能。
モール
天井、床から次々とせり出してくるドリル。ロックバスター４発で破壊できるが、いくら倒しても無尽蔵に出てくるので、早く進みたいところだが、急ぎすぎるとぶつかりやすい。
メットール
近づくと、顔を出して３方向に弾を撃った後、前方にゆっくりと歩く。基本的な動きはロックマン３に出てくるメットールと一緒だが、こちらは弾を撃ち出すタイミングが僅かに遅い（弾を撃つ前に破壊しやすい）。
ボス：メタルマン
ボス部屋にはベルトコンベアーがあるが、ＦＣ版とは違い、流れる方向は常に一緒（右から左）。
こちらの攻撃に反応してジャンプした後、メタルブレードを投げる点はＦＣ版と同じだが、こちらのメタルマンはジャンプの高さが一定で、常にメタルブレードを二枚投げる。
弱点となる特殊武器が変更されており、クラッシュボムで大ダメージを与えられる。
森林が舞台となっている。外観はＦＣ版と酷似しているが、ステージの途中に水がある。ラッシュマリンがあると、ニードルプレスと砲台の同時攻撃地帯を回避できる。
メタルブレードがあると、大幅に難易度が下がる気がします。
バットン
天井などに玉状になってくっついているが、時間が経つとコウモリ型に変形し、ゆっくりとロックマンのいる所に向かってくる。
ロックバスターでは２発、メタルブレードだと１発で破壊できる。
ロビット
大きめサイズの兎型ロボット、ジャンプしながら出現した後、着地後に人参型の弾を発射する。
ＦＣ版ではメタルブレード４発で破壊できたが、今回はメタルブレードだと３発で破壊できる。
フレンダー
犬型ロボットで、口から長く連なった火炎弾を吐き出す。火炎弾は逆放物線を描くほか、長さが一定ではない。
ＦＣ版と違い、一体しか出てこない。
砲台
普段はシャッターを閉めて完全防御体制に入っているが、近づくとシャッターを開いて砲身から放物線を描く弾を発射する。
ＦＣ版と比べて無敵時間が長い。
ニードルプレス
天井などに設置されており、近づくと伸び縮みしてロックマンの行く手を阻む。破壊不可能。
メットール
クック
ダチョウのようなロボットで、ひたすら横に向けて走り、時々ジャンプする。
ＦＣ版とは効果のある武器が違い、メタルブレード１発で破壊できる。
ボス：ウッドマン
基本的な動きはＦＣ版と同じで、リーフシールドをメインにした攻撃を行う。
今回、リーフシールドの防御機能が落ちており、木の葉の隙間に弾を通すことができてしまう（攻撃判定の小さいロックバスターだとやりやすい）。被るダメージがかなり低くなっているので、ゴリ押しでも充分に勝てる相手である。
メタルブレードが有効な武器となっている。
外観や仕掛けはＦＣ版とほぼ同じだが、ゴブリン地帯にピピが出現するなどの変更点がある。
ピピ
ゴブリン、プチゴブリン
ゴブリンは巨大な鬼の顔で、上に乗ることができる。出現後、角を出したり引っ込めたりしている。角に当たるとダメージを受ける。今回は画面の比率などからか、サイズが小さくなっている。
プチゴブリンはゴブリンの耳から出てくる小型の敵キャラ。ゴブリンの頭に乗ると耳から出てくる。
カミナリゴロー
雲の足場の上に乗っている。放物線を描く雷の形をしたものを投げつけてくる。
破壊すると残った足場に乗ることができる。
スクワーム
近付くとブーメランのような形をした弾を吐き出す。本体の当たり判定が小さく、ロックバスターを当てにくい。
タマサブロウ
腹にある扇風機でロックマンの行く手を阻む。邪魔なので、出現したら即破壊すること。
ボス：エアーマン
小型竜巻を大量に発射→送風機で吹き飛ばす、という動作を３回繰り返したのち、反対側にジャンプで移動してから再び最初の動作を繰り返す。
ＦＣ版と比べると、竜巻、エアーマンの動きが緩慢だが、よけにくいことに変わりはない。ロックバスターを当てた際のダメージが２だったのが１に下がっている。
有効な特殊武器はリーフシールドだが、こちらの攻撃を跳ね返す竜巻のせいで当てにくい。
転送装置が４台置かれており、左上段がハードマンステージ、左下段がマグネットマンステージ、右上段がタップマンステージ、右下段がニードルマンステージとなっている。
ニードルプレス、メットール、砲台
ハリ・ハリー
左右、上、斜め上の５方向に針を発射した後、丸まって突進してくる。突進中は無敵。
ヤンボー
蜻蛉型ロボット。速いスピードで体当たりを仕掛ける。ロックバスター３発で破壊可能。
ハンマージョー
鉄球を振り回してから横に投げつける動作を繰り返している。鉄球を投げる前に目のシャッターが開き、その状態にのみダメージを与えることが可能。鉄球に当たった時のダメージは低いが、ＦＣ版と比べて攻撃判定がやや大きくなっていて、スライディングでくぐることができなくなっている。
ロックバスター８発で破壊可能。
ビッキー
ステージの終わりに出現する巨大なロボット。ジャンプで移動し、ロックマンを押しつぶそうとする。目のシャッターを閉じている時は攻撃を受け付けない。ロックバスター６発で破壊可能。
ボス：ニードルマン
ジャンプしながらのニードルキャノン連射と頭の巨大な針で攻撃する。
離れた間合いだとニードルキャノンを使う傾向があり、近いと頭突きで攻撃する。また、ニードルキャノンはこちらの攻撃を跳ね返す。
有効な特殊武器は二つあり、エアーシューターとタップスピンが該当する。
ステージ途中にある点滅ブロック地帯は、面倒ならばラッシュジェットで進むのも悪くない。穴に落ちる心配もなくなる上に簡単。
メットール
マグフライ
ステージ前半で出現する。上空からロックマンを吸い寄せて行動を制限する。吸い寄せには抵抗することができる。
今回は、マグフライ本体にぶつかるまで吸い寄せられる。
ジャイアントスプリンガー
動きは非常に鈍いが、頭から誘導ミサイルを発射する。ＦＣ版とは違い、ミサイルは破壊不可能になっていて、ホーミング性能がやや落ちている。近付くと、頭を揺らして行く手を阻む。ロックバスター８発で破壊可能。
ペターキー
地面を歩いてひたすら移動する。複数で出現する場合が多い。
ニューショットマン
普段は左右に弾を発射し続けているだけだが、近付くと頭から放物線を描く弾を発射する。
ボス：マグネットマン
細かいジャンプを繰り返して画面端近くまで移動、天井にくっついてからのマグネットミサイル攻撃か吸い寄せを行う。攻撃を終えた後、反対側に移動して二種類の攻撃どちらかを行うことの繰り返し。
マグネットミサイルは３発発射され、ロックマンとのＸ軸が合うと、ミサイルが向きを変える。スライディングで回避可能。天井にくっついた際にマグネットマンの真下にいると、マグネットミサイルは反応しない。
吸い寄せ攻撃中は無敵で、マグネットマン本体に当たるか、時間が経つと吸い寄せを中断し、次の行動に移る。
画面が狭いので、マグネットミサイルを発射した後、マグネットマン本体の体当たりがよけにくい。
有効な特殊武器はニードルキャノン。また、メタルブレードで２のダメージを与えることができる。
敵が多いが、穴や刺など、即ミスとなる場所がないので、難易度はあまり高くない。
ハンマージョー
ハブスビィ
ステージ序盤に登場する大きな蜂型ロボット。チビィが内蔵された巣を落として去っていく。
チビィ
ハブスビィが落としていく巣から出現する小型の蜂ロボット。一度に５匹出現する。ロックバスター１発で破壊可能。ロックマンをしつこく追う。
ワナーン
ステージの各所に置かれているトラップ。上を通ると罠が発動する。スライディングで通り抜けるといい。破壊不可能。
帰ってきたモンキング
普段は天井にぶら下がっているが、下を通り抜けようとすると、飛び降りてジャンプしながらしつこく追いかけてくる。ロックバスター８発で破壊可能。タップスピンだと１発で破壊できるので持っていれば楽。
ピッケルマンブル
ピッケルマンが大きな乗り物に乗っている。弱点は頭で、ロックバスター３発で破壊できる。天井が低い通路にいることが多く、邪魔な存在。
ボス：ハードマン
ロケットパンチであるハードナックルを２発撃った後、大ジャンプからプレス攻撃を仕掛けてくる。基本的に、前述の二つの動作を繰り返すだけ。
ハードナックルには追尾性能があり、非常によけにくいが、食らった時のダメージは小さい。今回は、こちらの攻撃を跳ね返すようになっている。
プレス攻撃は非常にダメージが大きく、ハードマンが地面に着いた時に時間が止まる。ロックマンの本体がハードマンにめり込んでいると、高いダメージを連続して食らうことになるので注意。
弱点となる特殊武器はマグネットミサイル。エネルギー消費が大きめなので、連射しないこと。
ステージ前半にある水中の点滅ブロック地帯は、ラッシュマリンで通った方が楽。
ステージ終盤にコマの上に乗って渡るところがある。左右に揺られるが、乗っていて落とされることはないので、惑わされずにジャンプで移動すること。
ピッケルマンブル、メットール
メカッケロ
ロックバスターを当てにくいので、ジャンプした瞬間を狙うこと。ＦＣ版よりもジャンプをするタイミングが早い。
コマサブロウ
腹から地面に沿って移動するコマを発射する。画面内に３つ発射しようとする習性があり、コマを破壊しても、次々とコマを発射する。本体はロックバスター６発で破壊可能。
タマ
巨大な猫型ロボット。地面を跳ねる鞠のような弾を発射し、鞠が破壊されると、背中からノミのようなメカを射出する。
ボス：タップマン
上空にコマを３個発射→タップスピンによる高速移動を繰り返す。
コマは上空に停滞した後、ロックマンのいる位置を狙ってくるが、スライディングなどで回避できる。当たった際のダメージも大きくない。今回、コマはこちらの攻撃を跳ね返す。
コマ攻撃後、体を回転させてから高速で移動しながらの体当たりをしてくる。体当たりのダメージは高く、回転中は攻撃を受け付けない。
弱点となる武器はハードナックル。
ホッピングのような形をしたサクガーンを呼び出し、上に乗って攻撃してくる。
ロックマンのいる位置に向かってジャンプ→着地時に岩の破片を撒き散らす、という動作を繰り返している。岩の破片は、射程が非常に短く、避けるのは容易。
クイントの頭部のみ、こちらの攻撃を受け付け、サクガーンはこちらの攻撃を跳ね返す。
縦の移動がほとんどで、梯子が非常に多い。
ハンマージョー、ニューショットマン、ピピ、メットール、ペターキー、帰ってきたモンキング、ジャイアントスプリンガー、カミナリゴロー、プレス、スクワーム
ボス：ワイリーマシンワールド２号
三段階に変形するので、非常にライフが多い。弱点はコックピットで、ロックバスターとサクガーン以外は効かない。
第一段階はバッタのような足がついており、高いジャンプ力を持っている。ジャンプでロックマンのいる位置まで移動→地面を跳ねる弾を発射→地面スレスレを飛ぶ弾を発射、という動作を繰り返す。ライフの３分の２以下まで減ると第二段階に移行する。
第二段階になるとあまり激しい移動をせず、遠距離攻撃がメイン。
ロックマン目掛けて弾を２発発射→跳ねる弾を発射、という動作を繰り返す。跳ねる弾は、ロックマンの後ろで着弾すると分裂する。ライフが３分の２以下になると、第三段階に移行する。
第三段階も遠距離攻撃がメインで、移動しない。
完全ではないが、追尾性能を持ったミサイルを発射した後、放物線を描いて飛ぶ弾を４つ発射し、首を伸ばす動作を繰り返す。
ミサイルは、ジャンプで引き付けてからスライディングでくぐると簡単によけられる。次の放物線を描いて飛ぶ弾は、弾の間をぬってかわすことができる。首を伸ばす動作は、よほど近い間合いにいない限りは当たらないので、無視しても問題ない。