今回、溜め撃ちが追加されている。グラフィックはロックマン４のものと同じ。威力はロックバスター３発分で、破壊した敵を貫通する。ボスなどに対しても３のダメージを与えることができる。
パスワードではエネルギー缶の数は記憶されない。
スライディングの操作感覚は、基本的にＦＣ版に準拠しており、狭い穴ならばスライディングで突破できる。
スパークショック（ＳＰ）
２連射まで可能な横に飛ぶ電気の弾を発射する。エネルギー消費は１発につき１。
弾に当たった敵はしばらくの間ショートして動けなくなる。ただしボスキャラを止めることはできない。
ＦＣ版とは違い、敵の動きを止めている時でも武器を換えることが可能なので、攻撃の布石として非常に有効。
ジェミニレーザー（ＧＥ）
地形に反射するレーザーを発射する。エネルギー消費は１発につき２。
サーチスネーク（ＳＮ）
３連射まで可能な地形を沿って進む蛇型ミサイルを発射する。エネルギー消費は２発で１。
ミサイルは壁も登る。
シャドーブレード（ＳＨ）
十字キーを押しながらBボタンを押すことによって、真横、斜め上、真上に投げることが可能な手裏剣。エネルギー消費は２発で１。
手裏剣は一定距離進んだ後、投げた場所に戻るので、射程は長くない。
ダイブミサイル（ＤＩ）
敵を追尾するミサイルを発射する。エネルギー消費は１発で１。割と弾速が速い。
スカルバリアー（ＳＫ）
頭蓋骨を模した形をしたバリアーをロックマンの周囲に張り巡らせる。エネルギー消費は１発につき２。
ＦＣ版とは違い、弾を１発防いだだけではバリアーは消えず、３発まで耐えられる。しかし、敵そのものに当たると１回で消えてしまうところは変わりなし。
ドリルボム（ＤＲ）
真横に飛行するドリル型の爆弾を発射する。エネルギー消費は１発につき１。
敵か壁に当たると爆発するが、爆弾の飛行中にＢボタンを押すと、飛行中でも爆破することができる。威力が高く、特殊な壁を破壊可能。
ダストクラッシャー（ＤＵ）
真横に向けて鉄屑の塊を発射する。エネルギー消費は１発で１。
鉄屑は敵に当たると斜め４方向に飛び散る。
ラッシュコイル（ＲＣ）
スネークマンを倒すと、サーチスネークと一緒に入手できる。エネルギー消費は１回につき２。
ロックマンの目の前にラッシュを呼び出し、上に乗ることで高いジャンプができる。今回はトラップが厳しいので、刺の上に置いて保険代わりに使用するだけでもミスが少なくなる。
ラッシュジェット（ＲＪ）
ダストマンを倒すと、ダストクラッシャーと共に手に入る。
ロックマンの目の前にラッシュを呼び出し、上に乗ると直進する。ＦＣ版とは違い、上下の修正ができないので使い勝手は悪い。
スクリュークラッシャー（ＰＵ）
パンクから入手できる武器。エネルギー消費は８発で１。
放物線を描く回転ノコギリを投げる。消費するエネルギーが非常に少なく、意外にも使い勝手はいい。
ロックバスターでも充分太刀打ち出来て、ラッシュコイルが手に入るスネークマンから攻めるべき。
エレクトリックガビョールが大量に設置されているので、一気に進みにくい。
ＦＣ版にもあった、乗ると上に上昇する足場があるが、上昇スピードは遅くなっている。
ダストシュートから出てくる鉄屑の塊は、耐久力が高く、上から潰されるとダメージが高い。破壊したら一気に抜けた方がいい。
エレクトリックガビョール
上下一対で１セットとなっているガビョール。電磁波を発して行く手を遮る。こちらの攻撃はすり抜けてしまうので、破壊できない。
ピッケルマンダダ
整地作業で使うような機械に乗っているピッケルマン。ＦＣ版のピッケルマンブルと同じ動きをするものとジャンプしながら移動するものがいるが、このステージで登場するのはジャンプせずに横に移動しているもののみ。弱点は頭。
ハンマージョー
頭上で鉄球を振り回した後、真横に投げつけてくる。目のシャッターが開いた時のみ攻撃を受け付ける。
前作のロックマンワールド２とは違い、今回は鉄球をスライディングでくぐることができる。
エレキン
ダストシュートから出現し、ふらふらと飛行する。
ロックマンの真上に来ると、上下左右斜めの８方向に電気の弾を発射する。
カウントボム（仮）
乗ると本体に書かれている数字が減っていき、０を過ぎると自爆する。爆風に当たった時のダメージが高い。
ボス：スパークマン
ジャンプで移動しつつ、大きな電気の弾と、８方向同時に発射される小さな電気の弾で攻撃してくる。
ＦＣ版とは攻撃パターンが違い、８方向攻撃の後すぐに大きな電気の弾を発射することはない。
大きな電気の弾を発射する前にエネルギーを溜めているときは無敵になっている。
有効な特殊武器はシャドーブレード。
ビッグスネーキーとプチスネーキーの胴体で構成されている場所。基本的な部分はＦＣ版と同じだが、今回は背景がジャングルになっている。
ＦＣ版にあった仕掛けが一部（ＦＣ版の後半にあった雲の足場）削除されている。
ハンマージョー
ダダ
常にジャンプしながら移動している。逃げてもしつこく追ってくるので、早めに破壊すべきである。耐久力は低く、ロックバスター1発で破壊できる。
プチスネーキー
ステージの至るところに設置されている蛇の頭。まばたきした後、ロックマンのいる位置を狙って弾を撃ってくる。
ビッグスネーキー
巨大な蛇の頭で、最低２回は戦うことになる。まばたきした後、大きめの弾を連射してくる。
今回は、床一面が揺れ動く蛇腹となっているので、ジャンプしづらい。
ポットン
プロペラの付いた入れ物の中に本体が入っている。ロックマンとのＸ軸が合うと本体が落下し、入れ物だけとなる。
ブブカンＭＫ−U
ロックマンに向かって突進した後、目の前で大きくジャンプして背後に周り、後ろから突進してくる。
こちらに向かって突進している時は、こちらの攻撃を弾く。
ラダープレス
梯子に設置されているトラップで、梯子を上下している。破壊不可。
ボス：スネークマン
地形に沿いながら目まぐるしく動き回り、時折サーチスネークを２発発車する。今回はサーチスネークを撃ち出す位置が違い、画面端と、画面中央のやや左右から発射する。
体当たりのダメージが大きいので、体当たりをくらうぐらいならサーチスネークに当たった方が被害は少ない。
有効な特殊武器はスパークショックだが、今回はロックバスターに溜め撃ちがあるので、スパークショックを使わずとも充分に太刀打ちできる。
ステージの外観等はＦＣ版と酷似しているが、敵の構成がやや違う。
画面が狭いので、天井に頭をぶつけて刺に当たることがないように。
ヤンボー
トンボのような外見をしたロボットで、上空から現れ、３段階に軌道を変えたのち、体当たりしてくる。ロックバスター３発、溜め撃ちならば1発で破壊可能。
ボンバーペペ
ペンギンのような見た目をしたロボット。ジャンプで移動しながら、時折卵型の爆弾を腹から出す。動きは鈍いので、攻撃は当てやすい。
ピッケルマンダダ
このステージに登場するのはジャンプして移動するタイプ。体当たりをかわすのはほぼ不可能（運絡み）なので、追い詰められる前に溜め撃ちと連射で破壊すること。
メカッケロ
ジャンプで接近してくる。地上にいる時は当たり判定が小さく、攻撃を当てにくい。前作のロックマンワールド２とは違い、動きはＦＣ版ロックマン３のものとなっているので、動きはせわしなくない。
ボウル
ステージ中に設置されている卵を攻撃すると出てくるオタマジャクシ型ロボット。溜め撃ちを使えば、ボウルを出すことなく卵を一掃できる。
ペンペンメーカー
大きなペンギン型ロボットで、腹からペンペンを射出し続ける。弱点は頭にあるハンドル。
ペンペン
ペンペンメーカーの腹から出てくるペンギン型ロボット。一直線に突進してくるのみだが、体当たりのダメージは意外と高い。
ボス：ジェミニマン
分身を出して、画面内をせわしなく動き回る。こちらが攻撃すると、地上にいる方のジェミニマンが弾を撃ってくる。
ジェミニマンのライフが半分以下になると、分身が消えてパターンが変わる。こちらの攻撃に反応してジャンプする癖がある。ＦＣ版とは違い、いきなりジェミニレーザーを撃ってくるので注意。ジェミニレーザーは地形に反射する。
有効な特殊武器はサーチスネーク。
登場する敵キャラクター
カウントボム（仮）、ヤンボー、メカッケロ、ピッケルマンダダ
ホログラン
画面内に現れると、画面が真っ暗になって地形が見えなくなる。ホログラン本体を破壊すれば、画面は元通りになる。
ウォーキングボム
手榴弾に足がついたような外見をしている敵キャラクター。前方に向かって移動する。攻撃を当てると自爆して爆風を起こすので、接近しすぎないこと。
パラシュー
画面の上から急降下した後、左右に揺れながら落下する。狭い足場の所に出てきて、放っておくと邪魔なので早めに破壊すべき。
ボス：シャドーマン
ジャンプを３回した後、シャドーブレードかスライディングによる攻撃をしてくる。攻撃後は、再び３回ほどジャンプをする。
シャドーブレードは真横と斜め上同時に発射される。スライディングは移動スピードが速いので反応しにくい。
接近した状態ではシャドーマンの２種類の攻撃をかわしにくいので、できるだけ離れて攻撃をすべき。
有効な特殊武器が変更されており、ジェミニレーザーで大ダメージを与えられる。反射するとはいえ、弾速が遅いので、外すと危険。
非常に短いステージで、ザコ敵は登場しない。
点滅ブロックが出たり消えたりしている。出現パターンは単純なので、あまり苦労しないはず。
乗ると左右に分かれてしまう足場がある。行動が遅いと落とされるので、迅速な行動を心がけること。
ボス：ジャイアントスージー
巨大なスージーで、狭い部屋の中を動き回る。主に水平移動と跳ねながらの移動をランダムに繰り返している。
地形に勢いよく当たると、地震が起こってロックマンの動きが少し制限される。
ライフが少なくなるほど、動きが速くなるという特徴がある。
有効な特殊武器は特になく、溜め撃ちで攻撃するのがいい。一応、スパークショックで２のダメージを与えることが可能。
ジャイアントスージーを破壊すると、奥の部屋にあるカプセルに入ることができ、後半４ステージを選択できる。後半４ステージはどれも難しいが、その中でも攻略しやすいのはドリルマンステージかと思われます。
ステージのほとんどが水中になっており、ジャンプ力が大幅に上がるが、刺がいたるところに設置されているので、ジャンプ力の調整が難しいステージとなっている。
ＦＣ版と比べると、水中での操作感覚がシビア。
ギョットット
水中をやや速いスピードで移動している。ある程度近付くと飛び掛かってくる。
メットール・スイム
水中用メットール。近寄るとメットを開きながらジャンプし、３方向に弾を発射する。
ＦＣ版と比べて、メットを上げてから攻撃に移行するまでの隙が非常に小さいのが特徴。
モビー
鯨のような巨大ロボットで、２回は戦うことになる。
ホーミング性能のある魚雷と、機雷を落とすと同時に吸い寄せによる攻撃を行なう。
ＦＣ版と比べて、ミサイルのサーチ性能が上がっており、モビーの懐近くがミサイルの死角とならない。
マンタン
エイ型ロボットで、水中を泳ぎながら体当たりしてくる。
真横に向かって泳いでいる時は当たり判定が薄く、攻撃を当てにくい。
Ｍ−４２２Ａ
クラゲのような敵キャラクターで、破壊不可能。
近づくと上下に激しく動く。
ガリョービー
回転ノコギリがついた敵キャラクター。ロックマンと同じ高さにいると移動スピードを上げる。
ロックバスターでは破壊できないので、他の特殊武器を使うことになる。
ジャンビッグ
大小２種類のジャンプでこちらに近付いてくる。動きは鈍く、体当たり以外に攻撃手段がないので、離れて攻撃すれば楽勝。しかし耐久力は高い。
スパークショックで動きを止めてから攻撃するのが有効。またドリルボムを直接当てることによって一撃で破壊できる。
機雷
水中に浮かんでいる機雷。近付くと光りだした後、自爆する。こちらからの破壊は不可能。
ボス：ダイブマン
きりもみしながらの突進攻撃と、こちらを追跡してくるダイブミサイルで攻撃してくる。
ＦＣ版と比べると、突進攻撃後の隙が小さい上、ダイブミサイルを撃ってくる間合いが狭く、かなり近い間合いでも使用してくる。離れた間合いをキープすることが困難であるため、ロックバスターで戦うのはやや分が悪い。
有効な特殊武器はスカルバリアーで、ダイブミサイルを２発まで貫通しながら破壊できる。２連発してくるダイブミサイルを破壊→突進してくるダイブマンにバリアーを当てる、というパターンにハメることが可能。また、ダストクラッシャーでも大きなダメージを与えることができる。
特に変わった仕掛けはないが、何気に刺が多く、後半以降はところどころに穴が存在している。
スーパーボールマシーン
地形に反射するボールを砲身から撃ってくる。ボールは破壊可能且つ連発してこないので、対応しやすい。また、当たった際のダメージも低い。
バットントン
普段は玉のような形になって天井などで待機しているが、時間と共に蝙蝠型に変形し、ロックマンをしつこく追跡する。待機中は無敵。
移動スピードは遅い。
スケルトンジョー
移動はせず、その場で放物線を描く骨を投げてくる。攻撃を当てると体のパーツが崩れるが、少し経つとパーツを組み立てて再生する。溜め撃ちでのみ完全な破壊が可能。
シールドアタッカー
前面に大きな盾を構えた敵キャラクターで、決まった区間を往復している。移動スピードが速く、意外とサイズが大きいので、ジャンプではかわしにくい。
正面からの攻撃は盾によって弾かれるが、後ろから攻撃するとダメージを与えられる。
イモーム
何もない天井などから突然降ってくる、芋虫型ロボット。着地すると、地面を這って移動する。
トゲヘロ
蛇行しながら飛行してくる。耐久力は低い。
スカルメット
まばたきした後、放物線を描く弾を撃ってくる。弱点は目玉で、正面からしか攻撃を受け付けない。
ボス：スカルマン
こちらの攻撃に対応しながら弾連射、スカルバリアー、ダッシュ、ジャンプの行動をとる。
最初は立ち止まっているだけだが、Ｂボタンを押して攻撃またはＢボタンを離して溜め撃ち攻撃をするとジャンプ、十字キーで左右どちらかに動くと弾を連射してくる。
ジャンプの後はスカルバリアーを張る。スカルバリアーは攻撃を跳ね返す。ＦＣ版と比べてスカルバリアーの攻撃判定が大きく、着地してからバリアーを張るまでが早い。
弾はロックマンのいる高さに向けて角度を変えながら連続で撃ち出すので、よけにくい。弾を連射した後は、ショットか移動の操作をするとジャンプしてから着地時にスカルバリアーを張る。
スカルバリアーを解除した後は必ずダッシュによる体当たり攻撃を仕掛けてくる。
有効な特殊武器はダストクラッシャーだが、スカルバリアーを破ることはできない。
ステージ中にダストシュートから岩が降ってくる場所がある。岩は地面に落ちると破片となって飛び散るが、地面に着く前に攻撃を当てれば、破片を出すことなく破壊できる。
小さな刺の付いたブロックは、一定間隔で刺の出る向きが変わり、この刺に当たるとダメージを受ける。
ハンマージョー、ジャンビッグ、シールドアタッカー、バットントン
メットール
色々なタイプがいるが、このステージで登場するのは、近付くとメットを上げて３方向に弾を撃った後、ジャンプして移動するタイプ。
ヘリポン
ゆっくりと飛行した後、着地して弾を発射し続ける。着地した後、再び飛行することはない。
パカット２４
普段は強固な装甲で守られており、攻撃を受け付けないが、弾を撃つ際に装甲を開くので、そこに攻撃を加えれば一撃で破壊できる。
ボス：ドリルマン
地面に潜ってからの強襲、大きなジャンプでの移動、突進しながらのドリルボムという攻撃方法を使い分けてくる。
地面に潜る際に変形するが、ＦＣとは違って無敵時間はなく、ダメージを与えることが可能。
ドリルボムは破壊不可能で、体当たりよりもダメージが低いので、ドリルマン本体に当たりそうになったら、わざとドリルボムに当たるのも一つの手。
有効な特殊武器はダイブミサイル。ホーミング性能があるので、特に狙いをつけなくても命中させることができる。
刺や穴などの一撃でミスとなるトラップが非常にいやらしい場所にあり、長い上にシリーズの中でも最も高いともいえる難易度を誇るステージ。このステージでは、ラッシュコイルの使用を惜しまないことが重要。できればドリルボムを持って臨むべきステージである。
ステージ中盤にプレスマシーンがある。途中にあるゴミを破壊しながら進むことになるが、ゴミは溜め撃ちで貫通できる。天井などに挟まれると、即ミスとなるので注意。
ステージがかなり長いが、リトライポイントはプレスマシーン地帯からとなるので、ボス手前などでミスすると、やる気が削がれることがあるかも。
シールドアタッカー、ジャンビッグ
アップンダウン
穴から上昇し、ある程度上まで行くと揺れながら落下する。放っておくメリットはなく、出現したものからすぐに破壊すべき。
メットール
３方向に弾を撃った後前方にジャンプするのと、回転しながら横に弾を連発するものがいる。
回転しながら攻撃してくるものは、耐久力が高め。
ガチャッポン
移動はせず、放物線を描く弾か横方向に飛ぶ弾をランダムに発射する。ジャンビッグ並に耐久力が高いのが特徴。。
ボス：ダストマン
ダストクラッシャー、吸い寄せ、高い軌道のジャンプでの移動を行なう。
ダストクラッシャーはロックマンの頭ぐらいの高さを飛んできて、ロックマンとのＸ軸が合うと斜め４方向に飛び散る。今回はスライディングで回避できないので、必ず垂直ジャンプで回避すること。
吸い寄せ攻撃中はこちらの攻撃を受け付けないので、攻撃するだけ無駄。
有効な特殊武器は特になく、溜め撃ちで攻撃するのが一番いい。一応、ドリルボムで２のダメージを与えることが可能。
パンクとの戦闘があるのみで、ザコは登場しない。
ボス：パンク
スクリュークラッシャーと強烈な体当たりで攻撃してくる。攻撃パターンは単純そのものだが、スピードが速く回避しにくい。
スクリュークラッシャーは、垂直ジャンプを繰り返しながらこちらを狙って何発か投げてくる。パンクが投げたカッターは、こちらの攻撃を弾き返すので、反撃しにくい。回避を最優先すること。
自身を変形させてからの体当たり攻撃はこちらの攻撃を弾く上、２種類の高さがあり、上段はスライディングで、下段はジャンプで回避することになる。移動する前にほんの一瞬だけ停止するが、どちらがくるかは完全にランダムなので、慣れないとかわすことは困難。ダメージが非常に高く、３発くらうだけでライフがなくなる。
攻撃する機会が意外と少ないので、威力の高い溜め撃ちで攻撃するといい。
非常に長く、通常のステージ二つ以上の長さがある。穴や刺が多く、ラッシュの使用は惜しまない方がいい。
ダストマンステージにあるプレスマシーン地帯のような地形が上下する場所がある。天井とメットールだけではなく、刺も上下しているので注意が必要。ここに限ったことではないが、慎重に慎重を重ねてゆっくりと進んだ方がいい。
中ボスとしてジャイアントスージーが登場する。破壊すると、ライフエネルギー大が出る。
スケルトンジョー、スカルメット、パカット２４、バットントン、シールドアタッカー、スーパーボールマシーン、ピッケルマンダダ、エレキン、パラシュー、ホログラン、ウォーキングボム、ハンマージョー、ラダープレス、アップンダウン、ジャンビッグ、ガチャッポン、ダダ、ガリョービー、カウントボム（仮）
岩（ドリルマンステージに登場したトラップ）、スクラップ（スパークマンステージに登場したトラップ）
メットール
回転しながら横に弾を連発するタイプ、３方向に弾を撃った後、ジャンプして移動するタイプ、走って移動するタイプ、移動しないタイプがいる。
ボス：ワイリーマシンＷ３号
第一段階…上昇→斜め下に落下を繰り返しているだけだが、合間に何回か屈折するミサイルを二つ発射してくる。体当たり攻撃はこちらを正確に狙っているわけではないので、回避が楽。注意すべきはミサイルのみ。弱点は目玉で、溜め撃ちでのみダメージを与えられる。通常のロックバスターは弾かれるので注意。
第二段階…移動せず、放物線を描く弾を左右の砲身から発射してくるのみ。左右で撃ち出すダイミングがやや違い、ズレがある。弾はこちらの攻撃を跳ね返す。弱点は頭上のコックピット部分で、スクリュークラッシャーでのみダメージを与えられる。最終ボスにしてはあまり強くないと思います。