トードマン、ブライトマン、ファラオマン、リングマンの４つから選ぶことになる。
ラッシュコイルを入手できるトードマンから始めてブライトマン→ファラオマン→リングマンの順番でいくと楽。
■雨
屋外は画面の右から左にかけて風を伴う雨が降っており、ジャンプすると左に押される。ただし、歩いて移動する分には何の支障もない。
■水流
水が流れているところがあり、ロックマンの動きを制限する。滝のようになっているところではジャンプ力が下がり、床を流れているところでは、立ちっぱなしだと流され、移動スピードが変化する。
■隠しアイテム
ステージのところどころにライフエネルギーやエネルギー缶が隠されている。水流に隠されてあったり、一見入れないと思うところでもすり抜けることができる場所がある。
■登場する敵キャラクター
ブヨヨーン
天井に張り付きながら移動しているが、ロックマンにある程度近付くと、天井から降りてくる。ロックバスター２発で破壊できる。
ロックマンとの距離が離れると、再び天井に張り付く。
ラットン
ネズミ型ロボットで、大小２種類のジャンプで移動する。意外と当たり判定が大きい。ロックバスター２発で破壊可能。
ラッカーサー
画面上部から傘を使ってややゆっくりめに落下、着地すると、傘を畳んで横に向けて発射する。傘を発射した後は歩いて移動する。ロックバスター４発で破壊できる。
スワロン＆コスワロン
鳥型の敵キャラクターで、スワロンはゆらゆらと飛行した後、飛び去っていく。ロックバスター２発で破壊可能。
コスワロンはスワロンの後ろを追従しており、時間が経つとロックマンに向かって体当たりしてくる。しかし、スワロンをあらかじめ破壊すると体当たりしてこない。
エスカルー
中ボスで、２回戦うことになる。弱点は目玉で、瞳が出ている場合のみ攻撃を受け付ける。ロックバスター１２発で破壊可能。
背中から撃ち出す、放物線を描く爆弾と、目玉をロックマン目掛けて発射する攻撃をしてくる。どちらもロックマンのいる位置を狙ってくるので注意。
１回目のエスカルーは穴と水流があるので戦いにくい。
ギョットット
水中を水平に移動しており、ロックマンが近付くと跳びかかってくる。
ボス：トードマン
放っておくと、腰を振ってレインフラッシュによる攻撃を仕掛けてくるので、腰を振る間を与えずに常に攻撃を当てておくことが重要。攻撃を当て続けるとジャンプを繰り返すだけとなるので、体当たりをかわしながら攻撃を当てるだけで勝てるので、ロックバスターでも楽に勝てる。
腰を振り始めても、すぐ攻撃を当てれば中断させることができる。
一応、有効な特殊武器はリングブーメラン。ボスラッシュの時にでも使いましょう。
■闇
１００ワットンを破壊したり、レバーに触れると画面が真っ暗になる。地形が見えなくなるので注意。
■蛍光灯（？）足場
ステージの途中にあるレバーに触れると、画面が暗くなり、蛍光灯のような足場が降りてくる。この足場は乗るとゆっくりと上下する。
■振り子
ステージの後半に、振り子のような足場がある。足場は半円を描く軌道をとって往復しており、下は穴となっている。
画面が暗くなっても、振り子の足場は見える。
ＦＣ版とは違い、落下する振り子はないので、難易度は下がっている。
■ガッツホバー
ステージのところどころに、ガッツマンの顔のような敵キャラクターがいる。
こちらの攻撃で破壊することはできないが、頭の上に乗ることが可能で、移動用の足場となる。
乗ると右斜め下にゆっくりと降下し、足をガッツホバーから離す（ジャンプする）と、ガッツホバーは垂直に上昇する。
ガッツホバーがトゲに触れると、破壊されてしまうので注意。
■登場する敵キャラクター
１００ワットン
空中を飛行しており、時折下５方向に拡散する弾を撃つ。
ロックバスター１発で破壊できるが、破壊した場合、画面が真っ暗になる。
ドンパン
ロックマンに向かって歩いて体当たりしてくる。ある程度の段差は飛び越えてくる。
画面が真っ暗になっている時に破壊すれば、画面の明るさが戻る。
ミノーン
天井に蓑のようになって待機しているが、ロックマンが近寄ると地面に落下し、コマのように回転しながら移動する。
天井にいる時は攻撃を受け付けない。
ガチャッポン
放物線を描く弾と水平に飛ぶ弾で攻撃してくる。耐久力が高く、ロックバスター１２発で破壊可能。
ボス：ブライトマン
ジャンプによる体当たりと、３連続で撃ち出す角度の違う弾で攻撃してくる。
残りライフの量によっては、フラッシュストッパーを使用する場合があり、一旦発動してしまうと回避する手段はない。
有効な特殊武器はレインフラッシュ。一回の攻撃で、３ダメージを２回与える。
■流砂
ステージの途中、砂が流れているところがあり、足を踏み入れると移動力が落ち、体が下に沈んでいく。底はなく、穴になっている。
ジャンプすれば沈むのを防ぐことができる。
レインフラッシュを使用すると、流砂の流れが止まり、体が沈まなくなる。ただし移動力は流砂に足を踏み入れた時と同じ。
■隠しエネルギー缶
ステージの最初から二つ目の石の足場の右下に潜り込むと、エネルギー缶を手に入れることができる。
■石の足場
乗ると、揺れた後で一段階下に落下する足場がある。足場を元の場所に戻すことはできないので、行動は迅速に。
■登場する敵キャラクター
サソリーヌ
流砂から回転しながら出現して、横に移動する。ある程度の距離を移動すると再び流砂に潜っていく。
回転している時は無敵。ロックバスター４発で破壊可能。
ハエハエー
上空を飛び回りながら弾を垂直に落としてくる。飛行スピードはかなり速い。ロックバスター１発で破壊可能。
マミーラ
壁の回転扉から出現した後、頭をロックマンのいる方向に向けて発射してくる。頭を飛ばした後は再び回転扉で戻っていく。ロックバスター６発で破壊可能。
タケテントウ
動きこそ決して速くはないが、とにかくしつこくロックマンを追ってくる。ＦＣ版とは違い、今作ではロックバスター１発で破壊可能。
ボス：ファラオマン
攻撃パターンには二種類あり、素早いジャンプからロックマンに向けて小さな弾を１発から２発投げつけてくるパターンと、その場でエネルギーを溜めた後威力の大きい弾を発射するパターンがある。攻撃せずにジャンプだけすることは少ない。
バトル開始直後やボスとの距離が離れているとジャンプしながらの攻撃、近いと溜め撃ちを使用する場合が多い。溜める時間は常に一定で、ファラオマンの体が光った後、発射される。
フラッシュストッパーを使えばファラオマンの動きを止めることができ、止まったところに攻撃を続ければ簡単に倒せる。
■光の橋
乗ると欠けていき、最後までなくなると再び欠けたところから橋がかかっていく。
白い光の橋は左から右へ、黒い線の入った橋は右から左へと欠けていく。
■登場する敵キャラクター
ウォールブラスター
ロックマンのいる方向に砲身を向けて弾を撃ってくる。ロックバスター５発で破壊可能。
リング・リング
ゆっくりと移動しながら、ロックマンのいる場所に向かってくる。ロックバスター１発で破壊可能。
ガリョービー
普段はゆっくりと床を移動しているが、ロックマンとのＹ軸が合うとスピードを速めて移動する。
ロックバスターでは破壊できないので、やり過ごした方がいい。
モノローダー
ゆっくりと移動しているが、ロックマンが近付くと回転しながら高速で移動する。回転中は無敵だが隙があり、そこに攻撃を当てれば倒せる。ロックバスター３発で破壊可能。
ワッパー
目玉を無数の輪が囲んでいる。待機中は無敵で、輪を飛ばして目玉が露出した時のみ攻撃を受け付ける。
ボス：リングマン
戦闘開始と同時に画面の左端に向かって走ってくる。画面の左端に着いた後、リングブーメランを地上で一つ、ジャンプしてもう一つ投げてくる。ＦＣ版とは違い、リングブーメランはロックマンのいる位置をサーチする。地上で投げてくる前に大きくジャンプすれば引きつけることが可能。リングブーメランを二つ投げた後は再び画面の端に走ってくる。
有効な特殊武器はファラオショット。溜め撃ちを当てれば大ダメージを与えられる。
中ボス：名称不明
パラボラアンテナのような外見をしている。上もしくは下にスライドした後、アンテナの先端に付いたボールを斜め上に発射。ボールは上空で停滞した後、ロックマンのいる位置をサーチして突っ込んでくる。スピードは速いが、スライディングなどを駆使すれば回避は簡単。
基本的に上下にスライド→ボール発射→上下にスライド→ボールが開いて楕円を描く弾を発射を繰り返している。楕円を描く弾を発射するためにボールが開いた時のみ、攻撃を受け付ける。
楕円を描く弾は破壊可能だが、破壊すると同時に弱点部分が閉じられてしまう。
■障害物
進路を阻む障害物は爆弾で、攻撃を当てると爆風を巻き起こす。爆風のダメージは大きめなので、なるべく離れた位置で破壊すること。
ボス：バラード
ジャンプを繰り返した後、ダッシュで突進、画面端に着いた後、真横と斜め上同時に弾を発射してくる。弾を発射した後は再びジャンプを繰り返す。
ダッシュする前、地上で僅かに硬直するので、なるべく離れていれば対処しやすい。
特に有効な武器はないので、ロックバスターの溜め撃ちを当てていくのが手っ取り早い。
ストーンマン、チャージマン、ナパームマン、クリスタルマンの４ステージを選ぶことになる。
ラッシュジェットも手に入るチャージマンから先に倒した方がいい。
後半ステージ以降は、ステージをクリアしても武器エネルギーが回復しない。
特筆すべき仕掛けはなく、ステージ全体の難易度は低い。
■障害物に挟まれたアイテム
普通には取ることができない場所にアイテムが設置されているが、リングブーメランを使えば引っ掛けることが可能。
■登場する敵キャラクター
レンバクン
横に飛行しているが、ロックマンとの位置がある程度近くなると爆弾を３個下に投下する。爆弾は爆風を出さないが、当たった時のダメージは高め。
爆弾を３個投下した後、爆弾は打ち止めとなり、飛行するのみとなる。
メットールＫ−１０００
小型の機関車にメットールがくっついている。近寄るとメットを上げて３方向に弾を発射した後、突進してくる。
メットを閉じている時は無敵で、メットを上げた時のみロックバスター１発で破壊可能。ＦＣ版よりもメットを上げてから弾を撃つまでが僅かに遅い。
ボンバースローン
ロックスローンに酷似した敵キャラで、岩ではなく爆弾を飛ばしてくる。爆弾は放物線を描いて飛び、着弾すると爆風を起こす。
ターバン
羽根のような殻で身を守っているが、ある程度の時間が経つと羽根を開いて飛行し、ゆっくりとした動きでロックマンを追いかける。飛行中には時折弾を発射する。
マウスベール
ネズミのような敵キャラで、床を往復している。当たり判定が小さく、同じ高さにいるときは通常のロックバスターが当たらない。ロックバスター２発で破壊可能。
コッココロコロ
腹から歩く卵を次々と生み出す。弱点は頭でロックバスター６発で破壊可能。
卵はロックバスター１発で破壊可能。
コッココロコロ本体を破壊せず卵にみを破壊し続ければ、卵を産み続けるので、Ｐチップを稼ぐのに使える。
ボス：チャージマン
高速突進、石炭、移動を使い分けてくる。戦闘開始時はほぼ高速突進を繰り出してきます。
ＦＣ版とは違い、高速突進をする際にポーズをとるために、かなり分かりやすい。突進中は無敵だが、ポーズをとった出始めは無敵ではなく、攻撃を受け付ける。
石炭は真上に発射された後、３つ落下してくるが、落下点はランダムです。石炭攻撃中は無敵。
有効な特殊武器はパワーストーン。しかし、チャージマンと戦う時はなるべく離れて戦う方が楽なので、溜め撃ちで充分。
ステージがかなり長い上に非常に難易度が高い。ゲームオーバーになっても諦めずに頑張りましょう。
■ＷＩＬＹプレートの場所
ステージの最初から数えて、３体目のクリスタルジョーがいる部屋を右に行くと、プレートが浮かんでいる。
■分岐点
ステージの途中で横ルートか下ルートに分かれる場所がある。どちらも難易度が高い。
横（右）ルートはやや長く、Ｌ字型の足場が多数ある。地形変化も多少ある。
下ルートに行くと、地形が目まぐるしく隆起・陥没したりして行動が遅いと先に進めなくなる。
■Ｌ字型の足場
横（右）ルートに行くと通ることになる。上に乗ると９０度反転し、乗ったままだと落とされてしまうので、すぐにジャンプする必要がある。
■水晶の破片
ステージのところどころに、ダストシュートもしくは画面の上から破片が落ちてくる場所がある。ＦＣ版とは違い、タイミングは一定。
■ムーブホバー
空中に浮かんでいる敵キャラクターで破壊はできないが、触ってもダメージは受けず、上に乗ることができる。
攻撃を受けると仰け反り、元の位置に戻ろうとする。また、溜め撃ちで攻撃するとかなりの距離まで吹き飛ばすことが可能。
■地形変化
場所によっては、天井・床が隆起・陥没する場合がある。素早い行動を心掛ける必要があり、行動が遅いと地形に潰される。
地形変化が起こっている場所では敵キャラクターは出現しない。
■登場する敵キャラクター
モノローダー
クリスタルジョー
人工クリスタルを生成した後、真横に発射する。クリスタルを生成している時は攻撃を受け付けない。ロックバスター３発で破壊可能。
クリスタルのダメージは非常に高く、全体力の半分近くを奪う。
プカプッカー
胴体の上で頭が上下しながら浮いている。胴体は一定距離を往復している。
頭を破壊すれば胴体も同時に自爆するが、胴体のみを破壊すると頭が落ちて地面を跳ねる。頭はロックバスター３発で破壊可能。
フージーン
短い距離を往復しながら、斜め上と真上の３方向に弾を発射する。ロックバスター３発で破壊可能。
ボンビャー
普段は横方向に飛行しているだけだが、ロックマンとのＸ軸が合うと、下に爆弾を投下する。ロックバスター１発で破壊できる。
ボス：クリスタルマン
高いジャンプからのクリスタルアイとやや低めのジャンプからの通常弾で攻撃してくる。移動はジャンプのみで行う。
間合いが離れているとクリスタルアイを使用する傾向にあり、近付くとクリスタルアイを使用してこない。クリスタルアイは斜め上下４方向同時に発射され、地形に反射するので回避しにくいが、当たった時のダメージは高くないのが幸い。低いジャンプからの通常弾は、ロックマンのいる位置を狙って１発だけ発射される。クリスタルアイよりも受けるダメージが高いが、こちらの方が対処しやすいはず。
有効な特殊武器はチャージキック。クリスタルマンはジャンプばかりするので当てにくい。
■炎
ステージの所々に炎が吹き上がっている床があり、触れると即ミスとなる。
レインフラッシュを使うと、しばらくの間炎を消すことができる。しかし、時間が経つと再び炎が吹き上がる。
■ドリル
ステージの各所に出現する敵キャラクター（正式名称ローリングドリル）。ドリルの部分に触れると即ミスとなるが、ドリル以外の部分には触ってもダメージを受けず、上に乗ることが可能。
ドリル部分に攻撃を当てることによってダメージを与えることが出来、ロックバスター３発で破壊可能。しかし新しいドリルがすぐに出現する。
■自爆するブロック
時間が経つかすぐに自爆するブロックが設置されている場所がある。「自爆」と銘打っているが、攻撃判定はない。
ステージ終盤近くにある自爆するブロックの「橋」に出現するミザイル（２体目）はロックマンの目の前の高さまで上昇する。
フラッシュストッパーを使うと、自爆を止めることが可能。
■登場する敵キャラクター
ボンバースローン
スマトラン
攻撃をする（Ｂボタンを押す）か接近すると跳びかかってくる。ロックバスター３発で破壊可能。
体当たりのダメージは大きいが、ＦＣ版と比べると反応が鈍いため、離れた位置から溜め撃ちで攻撃すれば安全に破壊できる。
メットール砲台
大きな砲台の上にメットールが乗っている。ロックバスター４発で破壊可能。
近付くと、メットールがメットを上げたのち、砲台から丸い弾を撃ってくる。
メットールがメットを上げている間のみ、攻撃を受け付ける。メットを上げている間ならば、メットールだけではなく、砲台に攻撃を当ててもしっかりとダメージを与えられる。
ジェットボム
直進してくるミサイルで、地形もしくはこちらの攻撃に当たると、自爆して破片を飛ばす。
こちらの攻撃で破壊した場合、斜め４方向に破片を飛ばし、地形に当たると、ロックマンのいる方向を中心として３方向に破片を飛ばす。
こちらの攻撃で破壊した方が対応しやすい。
スベール
近寄るとボディーを縮めてから横に滑って体当たりをしてくる。移動中は当たり判定が小さくなるので、攻撃を当てにくい。
ミザイル
穴から飛び出てくる敵キャラクターで、出現する穴に近付くと、とても速いスピードで上昇してくる。
攻撃を当てるとダメージを与えているようだが、おそらく破壊は不可能。フラッシュストッパーで止めながら攻撃を当て続けても破壊できませんでした。
ボス：ナパームマン
二種類ある飛び道具による攻撃と、ジャンプによる体当たりを交互に繰り返す。
間合いが離れていると水平に飛ぶミサイル、間合いが近いと放物線を描く爆弾２個を使う。爆弾はロックマンのいる位置に落下するように飛ばしてくる。間合いの目安は、画面の半分弱・強で分かれる。
飛び道具による攻撃の後、ロックマンのいる位置に向かってジャンプしてくるが、スライディングで回避できる。
有効な特殊武器はクリスタルアイ。分裂させずに、直接ナパームマン本体に当てること。実は溜め撃ちとダメージが変わらない。
■隠し部屋
厳密には「隠し」ではないが、正規のルートとは外れているルートが２つある。ルートの最後に置かれているアイテムはＥ缶や１ＵＰなど、貴重ではあるが重要ではないアイテムなので、取りに行く必要性は低い。
■Ｌ字型の足場
クリスタルマンステージにもあった仕掛け。
上に乗ると９０度反転し、乗ったままだと落とされてしまうので、すぐにジャンプする必要がある。回転の中心に乗ると落ちない。
■石
ファラオマンステージにもあった仕掛け。上に乗ると、震えたのちに一段階落下する。
■登場する敵キャラクター
スベール、ターバン
メットールマミー
近付くと、メットを上げて３方向同時に弾を発射する。メットを上げている間のみ、攻撃を受け付ける。
ロックバスター１発で破壊できるが、破壊されると同時に、ベビーメットールを３体出す。
ベビーメットール
メットールマミーが破壊されると出現する敵キャラクター。
ただ跳ねているだけだが、当たり判定が小さいので攻撃を当てにくい。
しばらくすると自爆（攻撃判定なし）する。
ロックスローン
ボンバースローンに酷似した敵キャラクターで、こちらは岩を飛ばしてくる。ロックバスター３発で破壊可能。
岩は破壊可能。放物線を描き、地形に当たると破裂するが、破裂の攻撃判定が思いの他大きい。
タテパッカン
正面からの攻撃を受け付けない盾を構えている。攻撃をする時に盾を上げるので、そこに攻撃を当てるとダメージを与えることが可能。
ロックバスター３発で破壊可能。
カバトンキュー
ステージ中で２回戦うことになる中ボス。
台座の上に座っており、飛行スピードの遅い誘導ミサイルを撃ってくる。ミサイルは破壊可能だが、破壊されると新しいミサイルを発射してくる。
台座の構成がＦＣ版とは違い、ブロック４個で１段となっている。台座を壊してカバトンキューの位置を低くしない限りはロックバスターが届かない。１段破壊してから意外と短い時間で台座が再構成されてしまう。
台座の左端のみを破壊し、ファラオショットを当てていくのが有効。発射はせず、溜めの動作で頭上に発生させた弾をカバトンキューにぶつけるといい。
ボス：ストーンマン
基本の動きはロックマンの位置を狙った連続ジャンプ。
間合いが離れているとパワーストーンを使ってからジャンプしてくる傾向が強い。パワーストーンは円が拡大していく軌道を描き、割とかわしにくいので、なるべく出させないようにしたいところ。思い切り近付くと、攻撃がジャンプによる体当たりのみとなる。
連続ジャンプ中、高いジャンプをする時があるが、高く跳んだ際には着地後に体が潰れて無敵状態となる。
有効な特殊武器はナパームボムだが、ストーンマンが一箇所に留まらないために当てにくい印象がある。
■プレートを揃えているかどうか
後半ステージ４つで取得できる「Ｗ」、「Ｉ」、「Ｌ」、「Ｙ」のプレートを全て揃えないとステージに入っても、先に進めない。
■磁石
ステージ中に強力な磁力を発生させている装置が設置されており、近付くと結構な強さで引き寄せられる。
磁石に攻撃を当てると磁力を中断させることが可能だが、暫くすると再び磁力を発生させる。溜め撃ちを当てると長い時間止めることが可能。
■登場する敵キャラクター
ミノーン
ボス：バラード
基本の動きは一回目に戦った時と同じだが、ジャンプする前に爆弾を置く。爆弾は暫くすると爆発するが、攻撃して破壊することも可能。
特に有効な武器はなく、溜め撃ちで攻撃する方が燃費が良い。
バラードを倒すと爆弾が置かれているフロアに出てくる。
■自爆するフロア
ステージの左端から順に地形が自爆していく。行動が遅いと、穴に落ちてしまうので迅速に動くことが重要。
■爆弾
ステージのいたる所にある爆弾が進路を阻んでいる。破壊しないことには先に進めないが、攻撃を当てると爆風を起こすので、なるべく離れて攻撃を当てること。
ロックバスターの死角に設置されている場合が多いので、ファラオショットかバラードクラッカーを使って破壊するといい。
■登場する敵キャラクター
ジェットボム
割とスピードが速いので、弾幕を張った上で進んでいくと安全に破壊できる。
プレスン
真上に上昇した後、斜めしたに速いスピードで落下してくる。真下に落下することはないので、大きく上昇した時に真下に潜ると体当たりを回避できる。
ガンナージョー
宙を飛びつつ、誘導ミサイルを撃ってくる。高いところにいるために攻撃を当てにくい。
巨大メットール砲台（仮称）
中ボスの巨大なメットール砲台で、２回戦うことになる。メットールに攻撃を当てるとダメージを与えられる。距離に関係なく、メットールは顔を出したまま。しかし、巨大な弾を発射する直前のみ、メットを閉じる。
上下に移動しつつ、時折砲身からの巨大な弾か砲台の後ろからの誘導ミサイルのどちらかを使用する。巨大な弾は、ロックマンのいる位置目掛けて発射され、誘導ミサイルは飛行スピードが遅く破壊可能。
砲身の上には乗ることができ、上に乗ってから攻撃すると簡単に倒せる。
ボス：名称不明
戦艦の内部への入り口にいる巨大な物体。ボディー上部から伸びるアームと様々な特殊武器を使用して攻撃してくる。
基本の動きは、弱点露出→アーム攻撃→弱点露出→特殊武器…という順番で繰り返している。アーム攻撃はスライディングで簡単に回避可能。
特殊武器は弱点部分から発射され、リングブーメラン、ナパームボム、パワーストーンを使ってくる。パワーストーン以外は軌道が違う。
リングブーメランはこちらの位置を正確にサーチして狙い、ナパームボムは転がるわけではなく、放物線を描く。
弱点はボディーの中心に時々露出される球のような部分。いつも出ているわけではないので、タイミングを見計らって溜め撃ちで攻撃すること。
とにかく長い上に敵がたくさん出現する。
■穴
細い穴になっているところはミザイルが潜んでいる場合が多い。まずは穴の手前で立ち止まってから進むといい。
■石
ファラオマンステージやストーンマンステージにあった仕掛け。上に乗ると、震えたのちに一段階落下する。
■特殊なブロック
チャージキックで破壊可能。説明書にはナパームボムが特殊なブロックを破壊できると書いてあるが、おそらく誤植。
特殊なブロックを破壊した先にある一つ目の隠し部屋の先にはブルースがいる。貰えるアイテムは基本的にランダムだが、全回復アイテムを貰える場合がある。
■登場する敵キャラクター
ミザイル、クリスタルジョー、ガチャッポン、コッココロコロ、タテパッカン、プカプッカー、マミーラ、フージーン、ガンナージョー、プレスン
■中ボス：ハンター
２回戦うことになる目玉のような敵キャラクターだが、１回目と２回目の行動パターンが違う。
一回目は画面内を飛びまわっており、壁に当たると反射する。攻撃を当てると合計４体に分裂するが、本物は一つで本物に攻撃を当てるとダメージを与えることができる。偽者を全て破壊してから本体にダメージを与えると、再び分裂する。
２回目は２体に分裂してから地形が複雑になり、地形に沿って移動する。お互いに交差するとまた地形が変化する。
どちらに攻撃を当ててもダメージを与えられるが、攻撃を当てると同時に弾を撃ってくる。
１回目、２回目どちらも、ライフが少なくなるほど移動スピードが上がる。
■ボスラッシュ
ステージの最後にあるカプセルに入ると、８つのカプセルが置かれた部屋に出る。カプセルの中には今までに戦ったボスキャラがいる。どのカプセルにどのボスがいるかは以下の通り。
左上段：トードマン、左中段：ブライトマン、左下段：ファラオマン、真ん中左：リングマン、右上段：ナパームマン、右中段：ストーンマン、右下段：チャージマン
ボス：ワイリーロボ・アイアンゴーレム（第一形態）
弱点は胸のコア部分だが、時折コア部分からこちらの攻撃を跳ね返す弾を撃ってくる。
画面の左右から巨大な腕で攻撃してくる。拳に触るとダメージを受けるが、上に乗ることができる。横から来る腕の動きには２つのパターンがあり、真横からスライドしてくるか、斜め上から叩きつけてくる。叩きつけられた際に、上から破壊可能な鉄屑が落ちてくる。
ロックバスターで攻撃する時は腕に乗る必要があるために少々危険が伴う。ダメージは小さいが、パワーストーンを使うと便利。ジャンプの頂点でパワーストーンを発射すると、攻撃を２回当てることができる。
ワイリーロボ・アイアンゴーレム（第二形態）
巨大な人型ロボット。弱点は口で、開いた時のみ攻撃を受け付ける。
口を開けて吸い寄せ→角から弾を連射→体ごと体当たりを繰り返しており、吸い寄せをする際に口を開けた時にダメージを与えられる。
角から発射される弾はロックマンの位置をサーチして発射されるが、スピードが遅く回避しやすい。
体当たりはダメージが高いが、攻撃を当てることによって勢いを弱めて食い止めることが可能。この時、ロックバスターを連射することになるが、連射は早くせず、やや遅めにすると良い。
ワイリーカプセル
ワイリーロボ・アイアンゴーレムを破壊した後で戦うことになる。常に高い位置にいるために、攻撃を当てるのが困難。
【姿を消す→ロックマンの真上に姿を現して爆弾を投下→姿を消す→真上から爆弾投下→ゆっくりと移動しつつ、地面を跳ねる破壊不可能な弾を２発投下】を繰り返している。
投下してくる爆弾は、着弾した地面を壊してしまう。当たるとほぼ穴に落とされるので注意。
常に上にいるということで、使う武器は限られる。最も大きなダメージを与えられるのはファラオショットの溜め撃ち。バラードクラッカーでも２のダメージを与えることができる。