ロックバスター（R.BUSTER）
ロックマンの基本装備。前方に３連射まで可能な小さな弾を発射する。
武器エネルギーが設定されておらず、無制限に使用可能。
Yボタン押しっ放しで、エネルギーを溜めることが出来、溜めが完了すると溜め撃ちで攻撃できる。溜め撃ちは、通常のロックバスターよりも弾速が少し速い。
今作では威力の面で弱体化し、ロックバスター２発分の威力しかない。
フリーズクラッカー（FREEZE.C）
フリーズマンから入手できる武器。１発につきエネルギーを１消費する。
十字キーの入力によって、合計６方向に撃ち分けることが可能な氷の塊を発射する。十字キーの上を押しながらYボタンで斜め上、下を押しながらYボタンで斜め下に撃つことができる。
氷の塊は、地形に当たると上下と斜め４方向、合計６つに分裂する。
攻撃用としてだけではなく、場所によっては当てることによって特別な効果を持つ場合もある。
ジャンクシールド（J.SHIELD）
ジャンクマンから入手できる武器。１回につきエネルギーを３消費する。
磁力によって集めた鉄屑を身の周りで回転させる。シールドと銘打ってはいるが、防げない弾が多い。また、鉄屑が回っている間にもう一度Yボタンを押すことによって、鉄屑の残りによるが、合計３方向同時に鉄屑を発射できるが、発射される方向はランダムっぽく、狙いをつけにくい。
鉄屑には耐久力が設定されており、敵に当て続けると壊れて落ちてしまう。
デンジャーラップ（D.WRAP）
バーストマンから入手できる武器。１発につきエネルギーを２消費する。
爆弾を泡に包んで前方に発射する。爆弾は斜め上に浮かんでいく。敵によっては、当たった瞬間に泡に包んでしまうことが可能。この場合、浮かんでいる敵を押すことが可能で、他の敵か地形に当たると爆風を起こす。
十字キーを押しながらYボタンを押すことにより、軌道の多少の調整が可能。上を押しながらYボタンでほぼ垂直に爆弾を浮かばせ、十字キーの横を押しながらYボタンで前方に勢いよく爆弾を発射する。
地上に立っている時に下を押しながらYボタンを押すと、爆弾を泡に包まず、爆弾をそのまま地面に設置。爆弾はしばらくするか敵が当たると爆風を起こす。
サンダーストライク（T.STRIKE）
クラウドマンから入手できる武器。１発につきエネルギーを１消費する。
前方に電撃の弾を発射する。敵に当たると上下に分裂するが、これを有効利用するのは難しい。
攻撃用としてだけではなく、場所によってはサンダーストライクを当てることによって、特別な効果を引き起こす。
ワイルドコイル（W.COIL）
スプリングマンから入手できる武器。１発につきエネルギーを１消費、溜め撃ち版は１発につきエネルギーを２消費する。
左右同時にバネを投げる。バネは地面を跳ねてゆき、敵か壁に当たると消える。
Yボタン押しっ放しで溜めることができ、溜めが完了すると溜め撃ちができる。この際、十字キーの上下どちらかを押しながら発射することによって、バネの跳ねる強さを調節できる。上を押しながら発射すると、跳ね方が強くなり、下を押しながら発射すると、ほとんど跳ねない。
スラッシュクロー（S.CLAW）
スラッシュマンから入手できる武器。１発につきエネルギーを１消費する。
腕を振り、前方を切り裂く。他の武器と比べると、明らかに射程が短いので、敵に当てるには接近する必要がある。
見た目には分かりにくいが、１回の攻撃で複数回ヒットする。
クラッシュノイズ（C.NOISE）
シェードマンから入手できる武器。１発につきエネルギーを１消費する。
前方に破壊音波を発射する。破壊音波は壁に当たると反射し、ロックマンに当たると吸収、増幅される。この状態でYボタンを押すと、強化版のクラッシュノイズが発射できる。強化版を発射する際には、余分な武器エネルギーを消費しないので、敵に当てる際には、常に強化版を使うことが望ましい。
バーニングホイール（B.WHEEL）
ターボマンから入手できる武器。１発につきエネルギーを２消費する。
炎を４つ発生させ、それを車輪に見立てて前方に転がす。壁に当たると壊れてしまう。破壊した敵を貫通する。
発動から発射までに時間差があるため、急を要する場面での使用には不向き。Yボタンを押しっ放しにすることによって、発射のタイミングを少しだけ遅らせることが可能。
炎の武器ということもあってか、化学薬品内では使用不可能。
場所によっては、攻撃以外にも色々な効果を持つ。
ラッシュコイル（R.COIL）
最初から持っているラッシュの機能。１回につきエネルギーを２消費する。
呼び出したラッシュの上に乗ることによって、高いジャンプができる。
ラッシュジェット（R.JET）
ビッグエディー内でネジと交換、またはジャンクマンステージ中で入手可能なラッシュの機能。
呼び出したラッシュに乗ると、ラッシュは直進しながら飛行する。
飛行中、ロックマンがラッシュの上に足を着けている状態でのみ、十字キーの上下で軌道の修正が可能。
ラッシュが飛行している間、エネルギーは減っていく。
サーチラッシュ（R.SEARCH）
ビッグエディー内でネジと交換、またはフリーズマンステージ中で入手可能なラッシュの機能。１回につきエネルギーを２消費する。
ラッシュを目の前に呼び出し、地面を掘らせる。何が出てくるかは基本的にはランダム。
場所によっては隠しルートのある方向に向かって吠えたり、重要なアイテム（エネルギーバランサーなど）が隠されている場合がある。
ブルースシールド（B.SHIELD）
ブルースとの戦闘後にブルースから貰える盾。
武器選択画面で選択すると、ロックマンが盾を構える。敵の弾を防ぐことができるが、防げない弾も数多く存在する。
スーパーロックマン（S.ADAPT）
前半４ステージにある「R」、「U」、「S」、「H」の４枚のプレートを入手後に使用できるようになるラッシュの機能。
呼び出したラッシュが変形し、ロックマンと合体する。
合体後は、ジャンプ中にBボタンを押すことによって、進行方向の斜め上に飛び上がるブーストを使用することが可能。また、溜め撃ちがロケットパンチに変化する。
合体中は、スライディングができない。
ライフエネルギー（小）
ステージ中に落ちている、または破壊した敵が落とす。
取るとライフが２回復する。
ライフエネルギー（大）
ステージ中に落ちている、または破壊した敵が落とす。
取るとライフが１０回復する。
ライフエネルギー（特大）
ある場所に埋まっており、サーチラッシュで掘り出すことによって入手できる。一度取った場所からは二度と入手できない。
取るとライフが全快する。
武器エネルギー（小）
ステージ中に落ちている、または破壊した敵が落とす。
取ると、装備している武器のエネルギーが２回復する。
武器エネルギー（大）
ステージ中に落ちている、または破壊した敵が落とす。
取ると、装備している武器のエネルギーが１０回復する。
ネジ（小）
ステージ中に落ちている、または破壊した敵が落とす。
ネジ２個分に相当し、ビッグエディー内で各種アイテムと交換する際に必要。
ネジ（大）
ステージ中に落ちている、または破壊した敵が落とす。
ネジ８個分に相当し、ビッグエディー内で各種アイテムと交換する際に必要。
ネジ（特大）
ある場所に埋まっており、サーチラッシュで掘り出すことによって入手できる。一度取った場所からは二度と入手できない。
ネジ１００個分に相当。
１UP
ステージ中に落ちている、または破壊した敵が落とす。ビッグエディー内でネジ４０個（スーパーネジ入手後は２０個）と交換することでも入手できる。
残機数を増やす。最大９までストック可能。
E缶
ステージ中に落ちている。もしくはビッグエディー内でネジ６０（スーパーネジ入手後は３０個）と交換することが可能。
武器選択画面で使用するアイテムで、使用するとライフエネルギーが全快する。
最大４つまでストックが可能。
W缶
ステージ中に落ちている。もしくはビッグエディー内でネジ１００個（スーパーネジ入手後は５０個）と交換することが可能。
武器選択画面で使用するアイテムで、使用すると全ての武器エネルギーを全回復させる。
最大４つまでストックが可能。
S缶
ステージ中に落ちている。スーパーネジを手に入れた後、ビッグエディー内でネジ８０個と交換することが可能。
ライフと武器のエネルギー全てを回復させる。
最大１つまでストック可能。
ハイパーロケットバスター
スーパーロックマン用の強化アイテムで、溜め撃ちのロケットパンチの射程が延び、追尾性能まで付く。
ターボマンステージの途中に埋まっている他、ビッグエディー内でネジ８００個と交換できる。
エネルギーバランサー
ロックバスター装備時、もしくは装備している武器のエネルギーが満タンの時に武器エネルギーを取ると、他のエネルギーが減っている特殊武器のエネルギーを回復する。
シェードマンステージ内で入手できる他、スーパーネジ入手後、ネジ２４０個と交換できる。
ビート
今までとは特性が違い、攻撃用ではない。スラッシュマンステージ内で檻の中に捕まっている。
ロックマンが穴に落ちると、ビートが救出する。
ビート救出用アイテムはビッグエディー内でネジ８０個（スーパーネジ入手後は４０個）と交換できる。
スーパーネジ
スプリングマンステージ内にあるアイテム。
これをライトットに渡すことにより、Ｅ缶、Ｗ缶、１ＵＰ、ビート、ＥＸＩＴが通常の半分のネジで作れるようになる他、新たにＳ缶、エネルギーバランサー、ラッシュジェット、サーチラッシュ、ハイパーロケットバスターを作れるようになる。